Etanooli biomass on orgaaniline materjal, mis sobib etanooli tootmiseks. Mais on selle märkimisväärne ja laialdaselt kasutatav näide, kuid muud allikad võivad hõlmata vetikaid, rohu ja muid tselluloosikultuure. Biomassi hankimine valmistab mõnele etanoolitootjale muret, kuna neil on vaja juurdepääsu materjalidele, mis on energiatihedad ja mida saab tõhusalt etanooliks muuta. Mõnes ringkonnas on biomassi hankimine vaidlusi tekitanud.
Mõiste “biomass” viitab üldisemalt orgaanilisele materjalile, klassikaliselt jäätmematerjalile, mida ei saa süüa ega kasutada tööstuslikes protsessides. Seda terminit kasutatakse ka ökoloogias, et rääkida kogu taimsest materjalist antud piirkonnas, kusjuures probleem on nii biomass kui ka bioloogiline mitmekesisus. Etanooli biomassi saab tegelikult kasutada tööstuslikes protsessides ja mõned biomassi allikad on tegelikult ka toiduallikad.
Etanooli valmistamiseks tuleb biomass muundada nii, et selle energia oleks saadaval kütusena, mida inimesed saavad kasutada. Etanooli tootmine põhineb etanooli biomassi kasutamisel, mille kasvatamiseks ja muundamiseks kulub vähem energiat kui toodab. Vastasel juhul oleks protsess ebaefektiivne, muutes etanooli alternatiivkütuseks halvaks valikuks. Põllukultuurid, nagu sülmhein, on head kandidaadid, kuna nende kasvatamiseks kulub palju vähem energiat ja etanooli biomassi rafineerimise tehnoloogia etanooliks muutmiseks paraneb kogu aeg, suurendades etanooli ekstraheerimise efektiivsust.
Mõned inimesed on väitnud, et söödavate toidukultuuride, näiteks maisi, käsitlemine etanooli biomassina võib etanoolitööstus potentsiaalselt ohustada toiduga varustatuse stabiilsust, kuna põllumehed võivad olla rohkem valmis istutama etanooli tootmiseks kasutatavaid toidukultuure. Etanooli biomassina kasutatavad toiduks mittekasutatavad põllukultuurid võivad teoreetiliselt ka toidukultuure välja tõrjuda, vähendades turul saadaolevat toitu. Etanooli pooldajad usuvad aga, et sellist tasakaalustamatust saab läbimõeldud maakorraldusega vältida ja etanooli biomassi tootmine ei pea mõjutama toiduainete tootmist.
Etanoolienergia teisene probleem on see, et paljud valitsused subsideerivad tugevalt etanooli biomassi tootmist. Kriitikud viitavad sellele, et subsiidiumid on toetanud kunstlikku turgu ja toetuste kaotamine võimaldaks inimestel näha, kas etanoolil on tõesti turgu või mitte. Advokaadid juhivad tähelepanu sellele, et sarnased toetused kehtivad paljude põllukultuuride ja tööstusharude jaoks ning mõnikord on vaja toetusi tekkiva tööstuse toetamiseks, kuni see suudab saavutada iseseisvuse. Selle teooria kohaselt väheneks toetuste vajadus järk-järgult, kui etanooli tootmine ja nõudlus etanooli järele suurenevad.