Esmasel infektsioonil on kaks tähendust ja see võib olla seotud esimeste tunnustega, et inimene/elusolend on nakatunud, või nakkuste hierarhiaga, mis algavad ühest haigusest. Teise definitsiooni kohaselt võib külmetushaigusega viirusega inimene saada rinnus bakteriaalse infektsiooni, näiteks bronhiidi. Neid võib nimetada primaarseteks ja sekundaarseteks infektsioonideks, mis mõlemad tulenevad algsest külmetusest. Teisest küljest võib esmasest kokkupuutest viirus- või bakteriallikaga tulenev esmane infektsioon tähendada selle nakkuse esimesi märke. Neid nimetatakse sageli spetsiifilisteks sümptomiteks.
Haiguse või esmase infektsiooni esimesed sümptomid tuvastatakse sageli haiguste puhul, mis püsivad kehas ja muutuvad krooniliseks. Genitaalherpes on üks neist haigustest. Genitaalidele või ümbritsevatele aladele tekkivad haavandid tähistavad tavaliselt esimest nakatumist pärast kokkupuudet ja need võivad kesta mitu nädalat. Samuti võivad esineda muud sümptomid, nagu peavalu, valulikkus, gripilaadsed tunded, palavik või näärmete turse, mis ei pruugi esineda nii sageli haiguse järgnevate ilmingute korral.
Kui inimestel tekivad uuesti herpese villid, nimetatakse haigusseisundit esmaseks infektsiooniks asemel korduvaks. Esimene vastus viirusnakkusele on esmane ja kõik muud haiguse ilmingud on korduvad, mis näitab selle kroonilist olemust. Teised haigused, millel on esmane infektsioon, hõlmavad selliseid haigusi nagu HIV/AIDS, muud herpesviirused nagu tuulerõuged ja mõned hepatiidi vormid. Tuleb märkida, et esmasest kokkupuutest tulenevad sümptomid võivad veidi erineda sellest, kuidas haigus avaldub hiljem; need on esimene immuunvastus kokkupuutel nakkustekitajaga.
On palju juhtumeid, kus primaarset ja sekundaarset kasutatakse haiguse kirjeldamiseks, mis põhjustab mitut infektsiooni. Need infektsioonid on sageli viirusliku/bakteriaalse iseloomuga. Paljud inimesed saavad viiruseid, mis nõrgestavad immuunsüsteemi ja põhjustavad tõenäoliselt sekundaarseid bakteriaalseid infektsioone. Esmane infektsioon on seega algne viirus, kuid selle võime soodustada inimesi bakteriaalsete infektsioonide tekkeks võib tähendada, et arstid on valvel.
Sellise viirusega nagu genitaalherpes võib haavandite halb hooldus mõnikord põhjustada nahainfektsiooni või tselluliiti. Kuigi arst ei ravi herpesinfektsiooni antibiootikumidega, kuna see on viiruslikku päritolu, võib ta kasutada antibiootikume, kui herpesvillid nakatuvad, et tappa sekundaarne infektsioon. Antibiootikumid ei mõjuta primaarset infektsiooni, kuid nad võivad lahendada sekundaarse infektsiooni.
Paljud gripiviirused võivad põhjustada sekundaarseid infektsioone, nagu bronhiit, kopsupõletik või põskkoopa- ja kõrvapõletikud. Jällegi võib nende lahendamiseks kasutada antibiootikume. Ometi nad ei saaks lahti gripist, mis on viiruslik. Seda tüüpi sekundaarsetele infektsioonidele kalduvamatel inimestel võib olla nõrgenenud immuunsüsteem ja meditsiiniliselt haavatavatel inimestel on sekundaarsete infektsioonide jälgimine teatud haiguste puhul väga oluline.