Endoskoopiline koolitus hõlmab õppimist, kuidas endoskoopi tõhusalt kasutada inimkeha sisemise uurimiseks, sisemiste operatsioonide läbiviimiseks ja biopsiate tegemiseks. Endoskoop on pikk, paindlik meditsiiniline tööriist, mis on varustatud valguse ja videokaameraga, mis sisestatakse inimkehasse. Endoskoopi saab pärast sisestamist manööverdada ja see edastab kujutised televiisorile või arvutiekraanile, et arst saaks uurida siseorganeid ja kudesid. Diagnostikas sageli abivahendina kasutatav endoskoop salvestab ka seansi, võimaldades meditsiinipersonalil protseduuri uurida ja edastada see teistele tervishoiumeeskonna liikmetele, kes protseduuri ajal kohal ei ole. Endoskoopia alane koolitus hõlmab tavaliselt suurema osa gastroenteroloogia koolitusest.
Endoskoopiat teostavatelt arstidelt oodatakse pädevust mitmes võtmevaldkonnas. Need valdkonnad hõlmavad kolonoskoopiat, seedetrakti endoskoopiat, endoskoopilise kirurgia tehnikaid, diagnostikat ja biopsiaid. Endoskoopilise väljaõppe spetsialiseerunud valdkondadeks on endoskoopiline ultraheli, pediaatriline endoskoopia, bronhoskoopia ja endoskoopiline retrograadne kolangio-pankreatograafia, kui nimetada vaid mõnda. Lisaks endoskoopi kasutamise õppimisele erinevate protseduuride läbiviimiseks hõlmab selline koolitus instrumendi puhastamise ja desinfitseerimise ning erinevate protseduuride käigus kasutatavate täiendavate tööriistade õppimist ning seda, kuidas neid toiminguid nõuetekohaselt dokumenteerida. Endoskoopiast tulenevate infektsioonide ennetamine, äratundmine ja ravi on teemaks ka koolitusel.
Enamiku endoskoopiliste treeningprogrammide ajal on diagnostika üks peamisi keskendumisvaldkondi. Diagnostika on endoskoopia üks peamisi funktsioone ja see on kasulik mitmete haiguste diagnoosi kinnitamiseks. Selliste vaevuste hulka võivad kuuluda kuseteede infektsioonid, sisemine verejooks, hingamisprobleemid, sooleprobleemid ja maohaavandid.
Kirurgia on endoskoopilise väljaõppe teine oluline osa ja sellised tehnikad ulatuvad põhikirurgilistest protseduuridest kuni täiustatud protseduurideni, mis on sageli ette nähtud endoskoopia erivaldkondade jaoks. Inimkehasse sattunud võõrkehade eemaldamine on üks protseduur, mida enamik arste endoskoopilisel koolitusel õpib. Teised õpitud kirurgilised tehnikad hõlmavad sageli sapipõie eemaldamist, munajuhade sidumist ja väikeste kasvajate eemaldamist. Täiustatud kirurgiatehnikad hõlmavad õppimist, kuidas kinnitada endoskoobile spetsiaalseid tööriistu ja kasutada neid operatsiooni läbiviimiseks.
Biopsiate tegemine on samuti oluline fookusvaldkond vähi diagnoosimisel. Arstid õpivad kasutama endoskoopi koeproovide võtmiseks, mida saab seejärel analüüsida, et teha kindlaks, kas kude on vähkkasvaja. Paljudel juhtudel võimaldab endoskoobi kasutamine biopsia tegemiseks patsiendil loobuda invasiivsest operatsioonist, mis on sageli kulukam ja aeganõudvam.