Ebaregulaarsed menstruatsioonid võivad tekkida mitmel põhjusel. Mõned naised on lihtsalt rohkem altid ebaregulaarsetele tsüklitele kui teised; kuigi keskmine tsükkel on 28 päeva, kogevad mõned naised lühemaid tsükleid 21 päeva või pikemaid tsükkele, näiteks 40 päeva. Ebaregulaarsete menstruatsioonide põhjuste pärast pole sageli põhjust muretseda, sest elustiili muutused toitumises, treeningutes ja isegi stressitasemes võivad kõik mõjutada menstruatsiooni, muuta tsükli pikkust või põhjustada raskemaid või kergemaid perioode. Teatud ravimid, eriti rasestumisvastased vahendid, on ebaregulaarsete menstruatsioonide üks levinumaid põhjuseid.
Sageli on üks esimesi raseduse tunnuseid menstruatsiooni ärajäämine, mistõttu on oluline seda meeles pidada, kui rasedus on võimalik. Meditsiiniline seisund, nagu munasarjatsüstid, võib samuti põhjustada ebaregulaarseid menstruatsioone, mis on sageli väga valusad. Sel põhjusel on hea mõte pöörduda arsti poole, kui see mõne menstruaaltsükli jooksul ei lahene, et olla kindel, et midagi tõsisemat ei juhtu. Vastasel juhul saab ebaregulaarsete menstruatsioonide põhjused üldiselt kindlaks teha, uurides hiljutisi muutusi elustiilis või üldises füüsilises tervises. Näiteks hiljutised operatsioonid või haigused on sageli ebaregulaarsete menstruatsioonide põhjuseks.
Liigne treenimine või rangete dieetide järgimine on ebaregulaarsete menstruatsioonide kõige levinumad põhjused. Sellised tegevused põhjustavad sageli väga kergeid perioode või jäetakse need täielikult vahele. Menstruatsiooni katkemist nimetatakse amenorröaks ja seda täheldatakse sageli nii söömishäiretega naistel kui ka ülalnimetatud juhtudel. Pikaajaline amenorröa ei ole tervislik ja isegi kui põhjuseks on raske treening, on rohkem kui üks või kaks puuduvat menstruatsiooni märk sellest, et võib olla aeg kärpida.
Antibeebipillid muudavad menstruatsiooni sageli ka leebemaks või üldse mitte, kuigi mõnel naisel on vastupidine reaktsioon ja menstruatsioonid või verejooksud on perioodide vahel tugevamad. Mõnikord võib mõne muu kaubamärgi rasestumisvastasele pillile üleminek aidata nende probleemidega toime tulla ja tsüklit reguleerida. Sageli kulub katse-eksituse meetodil, enne kui leiate hästi toimiva.
Suurenenud stress ja ebapiisav uni on ka ebaregulaarsete menstruatsioonide sagedased põhjused. Eelkõige võib stress olla kehale väga kahjulik, mistõttu on oluline seda võimalikult palju kontrolli alla saada. Inimestel on soovitatav magada igal ööl kuus kuni kaheksa tundi; see aitab võidelda stressi vastu ja soodustab normaalset menstruaaltsüklit. Need on vaid mõned ebaregulaarsete menstruatsioonide kõige levinumad põhjused ja oluline on tsüklit iga kuu jälgida, et olla teadlik muutustest.