CNC-ruuteri tarkvara eristab arvuti arvjuhtimisega (CNC) puiduruuterit teist tüüpi ruuteritest. CNC-ruuteri tarkvaras kasutatakse arvutipõhise disaini (CAD) tarkvara, arvutipõhise tootmise (CAM) tarkvara või nende kahe kombinatsiooni. Kuigi nendesse kategooriatesse kuuluvad mitmed tarkvaraprogrammid, erinevad need kõik põhimõtteliselt telgede alusel. Kui saadaval on ainult kaks telge, saab teha ainult kahemõõtmelist tööd, ja kui telge on kolm, saab teostada kolmemõõtmelisi projekte.
Kuigi kõigi CNC-ruuteri tarkvara juhiste õppimiseks võib kuluda üsna palju aega, on selle põhifunktsioonid üsna lihtsad. CNC-ruuteriga töötav isik sisestab oma CAD/CAM-tarkvaraprogrammi vektorgraafika ja koordinaatide komplekti, mis vastab disainile, mida ta kavatseb toota. Kuna arvuti, millel CNC-ruuteri tarkvara töötab, on ühendatud ruuteri endaga, edastatakse tarkvaraprogrammi sisestatud käsud ruuteri labadele, mis teevad projekti käigus füüsilist tööd.
Kõiki neid labasid võib pidada kindlal teljel töötavateks. CNC-tarkvaraprogrammi sisestatud koordinaadid näitavad ruuterile positsioonid piki telge, milles see peab olema igal ajahetkel määratud intervalli jooksul. X-telje ja Y-telje koordinaadid juhivad objekti, näiteks lauaplaadil oleva kujunduse, kahemõõtmelist lõikamist. Kolmemõõtmelist tööd tehakse mööda Z-telge. CNC-tarkvaraprogrammis saavad Z-telje koordinaadid edastada käske ruuteri labadele, mille tulemuseks on mitte ainult kolmemõõtmelised objektid, nagu kerad, vaid ka sisemised kolmemõõtmelised lõiked, mis on vajalikud näiteks silindri õõnestamisel.
Turul on ka muud tüüpi puiduruuterid, nagu näiteks trimmerruuter, fikseeritud alusega ruuter ja suplusruuter, kuid CNC-ruuter paistab silma ainukesena, mida juhib arvutitarkvara. Kõigil teistel on terad ja tööriistad, mida peab ruuteriga töötav inimene ise paigutama ja liigutama. Ta ei pruugi terasid ise liigutada, kuid ta liigutab masinaosi, mis juhivad labade liikumist. Teistel ruuteritel on teatud seadistused, mida saab kasutada teatud sügavuste ja lõigete tüübi määramiseks, kuid kuna ruuteri labade liikumises osalevad inimkäed, tekib vigadeks. Käte värisemine ja ebaõigete silmadega hinnangud ei tekita CNC-ruuteri puhul probleeme, sest CNC-ruuteri tarkvara dikteerib konkreetsed liigutused sisestatud vektorgraafika ja koordinaatide põhjal; kogu töö teeb ruuter ise, mis saab oma juhised tarkvarast.