Blastotsüst on rakumass, mis moodustub imetajatel embrüo arengu alguses. Inimestel toimub see embrüogeneesi etapp viis päeva pärast viljastamist, kui massis on vähem kui 100 rakku. Selles arengufaasis ei ole embrüo veel emakasse implanteeritud.
Viljastatud mune tuntakse sigootidena. Pärast viljastamist läbib munarakk kiire rakkude jagunemise, millele järgneb rakkude diferentseerumine.
Blastotsüstis on kahte tüüpi rakke. Sisemuses on sisemine rakumass, millest osa hakkab väga kiiresti jagunema ja muutub arenevaks looteks. Seda ümbritseb vedelikuga täidetud õõnsus, mida nimetatakse blastokoeleks. Seda ümbritseb üks kiht rakke, mida nimetatakse trofoblastiks ja mis ühinevad emaka endomeetriumi rakkudega, et saada platsenta.
Paljud inimesed, kes läbivad kehavälise viljastamise, eelistavad blastotsüsti siirdamist alternatiivina kolmepäevasele embrüo siirdamisele. Veidi vanemate blastotsüstide ülekandmine võib olla tõhusam lahendus, kuna need on stabiilsemad kui kolmepäevased embrüod ja põhjustavad suurema tõenäosusega rasedust. Seda seetõttu, et ligikaudu 50% embrüotest ei jõua viienda arengupäevani; Nende embrüote kasutamisel on seetõttu suurem tõenäosus, et need on pärast siirdamist elujõulised.
Veel üks eelis nende vanemate embrüote kasutamisel implanteerimiseks on see, et kuna elujõulisuse tõenäosus on suurem, ei ole vaja nii palju implanteerida. Paljud inimesed eelistavad seda võimalust, kuna mitmikraseduste tõenäosus on palju väiksem, mis võib olla ohtlik rasedatele ja arenevatele imikutele, suurendades alakaaluliste, raseduse katkemise ja surnultsündimise riski.
Blastotsüstid on olulised teadusuuringute valdkonnas, mida nimetatakse embrüonaalsete tüvirakkude uurimiseks. Arvatakse, et embrüonaalsetel tüvirakkudel on erilised omadused, mida muud tüüpi tüvirakkudel ei ole, võib-olla seetõttu, et embrüonaalsetes rakkudes on geeniekspressioon vaevu alanud. Seda tüüpi uuringutes kasutatavad embrüod saadakse in vitro viljastamise kliinikutest bioloogiliste vanemate selgesõnalisel loal. Üldjuhul lubavad inimesed oma embrüoid sel viisil kasutada, kui neid enam implanteerimiseks vaja ei lähe ja kui nad tunnevad end hästi, et neid kasutatakse uurimistöös.