Biokütuse töötleja on mis tahes tüüpi seade – sageli sarnane destillaatoriga –, mis muudab biomassi kääritamise teel kütuseks. Biokütuste allikate hulka kuuluvad taimed ja lihtsad organismid, näiteks vetikad. Kõiki neid potentsiaalseid kütuseallikaid tuleb algsel kujul töödelda, kui neid kavatsetakse kasutada naftakütuste alternatiivina.
Biokütuste eeliseid kaalub sageli töötlemisseadmete mõju ja maksumus. Näiteks võivad biokütuste töötlejad muuta maisist vedelkütuseks, mida tuntakse etanoolina, kuid maisi kasvatamine võib nõuda märkimisväärseid ressursse, sealhulgas energiat. Kui biokütuse tootmine maksab rohkem energiat, kui see suudab selle kasutamisega anda, sageli sisepõlemismootorites, peetakse biokütuse töötlejal üldiselt ebatõhusat energiabilanssi. Teisest küljest, kui biokütus annab rohkem energiat, kui selle tootmine maksab, võib biokütuse loonud biokütuse töötlejat pidada tõhusaks.
Biokütuse protsessoreid on erinevaid mudeleid, sest kõige soodsama energiabilansi saavutamine võib olla väljakutse. Väikesed ja odavad biokütuse töötlejad võivad toota odavat põletatavat kütust, kuid ei pruugi pakkuda sama kvaliteeti kui kallimad ja sageli keerulisemad töötlejad. Suured töötlejad, näiteks biokütusetehastes kasutatavad töötlejad, võivad vajada töötamiseks rohkem energiat ja seega vähendada toodetava biokütuse efektiivsust. Siiski on palju biokütuse töötlejaid, mis pakuvad soodsat tasakaalu energiakulude ja biokütuse tootmise vahel.
Paljud biokütuste puudused on seotud saadaolevate biokütuste töötlejate ja allikate mitmekesisusega. Need allikad annavad sageli erineva energiabilansi ja võivad vajada täiesti erinevaid masinaid. Näiteks ainult troopilises keskkonnas kasvava taime jaoks ehitatud biokütuse töötleja ei pruugi kõrbekeskkonnast pärit taimede töötlemisel saavutada soodsat energiabilanssi. Väga tõhusad biokütuse allikad – materjalid, mis töötavad hästi õiget tüüpi töötlejatega – nõuavad sageli suurel hulgal põllumajandusmaad, mis võib vähendada toidukasvatajate käsutuses oleva põllumaa hulka.
Vaatamata väljakutsetele, mis on seotud tõhusa biokütuse töötleja loomisega, peetakse biokütuseid endiselt tõhusaks alternatiivseks energiaallikaks naftapõhistele kütustele. Selle kontseptsiooni üheks soodustavaks teguriks on biokütuseks muudetavate ressursside hulk. Võimalikud allikad võivad hõlmata kasutatud toiduõlisid, rohevetikaid ja taimseid materjale, nagu mais. Nendel biokütuste allikatel on sageli tõhus biokütuse töötleja.