Basaalganglionid on sümmeetrilised struktuurid aju keskosas, mis kontrollivad liikumist. Need koosnevad sügaval ajukoores asuvast tuumade konglomeraadist. Kõik aju välisosa sensoorsed ja motoorsed piirkonnad saadavad signaale, mis suunatakse läbi saba ja putameni basaalganglionide anatoomia osas, mida nimetatakse juttkehaks. Sabaosa töötleb signaale, mis on seotud nii käitumise kui ka motivatsiooniga, ja putamen töötleb sensoorseid ja motoorseid funktsioone. Basaalganglioni tüüpi struktuure leidub imetajate, lindude, roomajate, kalade ja kahepaiksete ajus.
Suur osa sensoorsest sisendist liigub läbi juttkeha, mis toimib peamise sisendpiirkonnana teistest ajuosadest. Enamik närviprojektsioone pärineb motoorsest ja prefrontaalsest ajukoorest. Mediaalne sabaosa ja teine basaalganglioni anatoomia osa, mida nimetatakse nucleus accumbensiks, koguvad signaale aju eesmise ajukoore ja limbiliste piirkondade poolt, nii et siin kontrollitakse seost mõtte ja liikumise vahel. Omavahelised seosed eksisteerivad ka saba, putamen ja substantia nigr vahel ning nende piirkondade väljund viib globus palliduseni.
Globus pallidus koosneb kahest osast. Motoorseid funktsioone juhib talamus, kuid seda funktsiooni takistavaid signaale kontrollib ja saadab talamusele globus pallidus externa. Globus palliduse teine osa, mida nimetatakse globus palidus internaks, aitab keskajuga suhtlemise kaudu kehahoiakut kontrollida. Signaalid saadakse globus palliduses sabast ja putamenist ning mõlemad need alad suunavad teabe subtalamuse tuuma.
Neuraalsed rajad on kas otsesed või kaudsed. Signaalide tee ajukoorest basaalganglionidesse, taalamusesse ja tagasi ajukooresse on otsene tee, samal ajal kui kaudne rada viib ajukoorest juttkehasse, välimisse globus pallidusse, subtalamuse tuuma, sisemisse gloobusse. pallidus ning talamusele ja ajukoorele. Otsesed teed erutab dopamiin, kaudseid aga pärsib, luues infrastruktuuri positiivse ja negatiivse tagasiside mustrite mõistmiseks.
Basaalganglionide anatoomia on keeruline ja hõlmab erinevaid neuraalsete signaalide teid, mis lähevad teistesse ajuosadesse ja sealt välja. Nii claustrum kui ka amygdala on samuti seotud üldise struktuuriga, kuid ei kontrolli liikumist. Basaalganglionide mis tahes osa kahjustused põhjustavad liikumishäireid, näiteks Parkinsoni tõve, obsessiiv-kompulsiivse häire, ajuhalvatuse ja teiste puhul.