Autoantikeha on immuunvalk, mis on suunatud organismi vastu. Normaalsetes tingimustes toodab immuunsüsteem antikehi kaitseks millegi enda jaoks võõrana tajutava, näiteks sissetungiva patogeeni või ebanormaalse raku vastu. Need antikehad tunnevad tõhusalt ära ja hävitavad need välismaised sissetungijad tervise tagamiseks. Erinevalt nendest normaalselt funktsioneerivatest antikehadest tajub autoantikeha organismi enda valke või kudesid võõra või patogeenina ning töötab nende kahjustamise või hävitamise nimel.
Autoimmuunhaigused viitavad mitmesugustele autoantikehade olemasolust põhjustatud seisunditele. Mõned neist häiretest võivad olla väga spetsiifilised ja suunatud ühe näärme või organi vastu, näiteks Gravesi tõbi, mille puhul toodetakse kilpnäärme vastu autoantikeha või mitut autoantikeha. Teised autoimmuunhaigused võivad olla laiemalt levinud, näiteks erütematoosluupus, mille puhul immuunsüsteem ründab paljusid kehaosi, sealhulgas neere, verd ja südant. Reumatoidartriit on teine autoantikehade põhjustatud haigus, mille tagajärjeks on liigesepõletik.
Siiani pole teada, miks mõned inimesed toodavad neid autoantikehi ja tekitavad autoimmuunhaigusi. Kuigi näib olevat geneetiline seos, kuna mõned neist häiretest kipuvad perekondades esinema mitmel alusel, nõustuvad enamik arste ja teadlasi, et geneetiline alus ei selgita nende häirete esinemissagedust täielikult. Selle asemel arvatakse, et selle aluseks on geneetiline eelsoodumus autoimmuunhaigustele, kuid tavaliselt on keskkonnas mingi vallandussündmus, näiteks viirusnakkus või kokkupuude toksiinidega. Lisaks esineb enamik neist haigustest sagedamini naistel ja esineb kõige tõenäolisemalt fertiilses eas, seega on ilmselt ka hormonaalne komponent.
Paljude autoimmuunhaiguste üheks tunnuseks on see, et sümptomid kipuvad olema tsüklilised ja mõnel juhul võivad need aastateks kaduda, et ootamatult uuesti ägeneda, kui seda kõige vähem oodatakse. See viitab sellele, et keha võib autoantikehade tootmist sisse ja välja lülitada, kuid kuidas või miks keha seda teeb, pole täielikult teada. Selle protsessi mõistmine võib anda tulemuseks autoantikehade tootmisest tulenevate häirete tõhusa ravi. Kuni pole paremini mõistetud, kuidas autoantikehade tootmist kehas välja lülitada, saab autoimmuunhaigusi tavaliselt kõige paremini ravida immuunsüsteemi pärssivate ravimite või immunosupressantidega.