Asutajaefekt on geneetilise mitmekesisuse dramaatiline vähenemine, mis on põhjustatud väikese isolatsioonikoloonia moodustumisest, mis jääb isoleerituks. See aitab kaasa geneetilisele triivile, mis põhjustab teatud geneetiliste tunnuste kadumist või suurenemist. Mitmed inimpopulatsioonid pakuvad huvitavaid uurimisallikaid geneetikutele, kes on huvitatud asutajaefektist, nagu ka arvukad loomapopulatsioonid.
Seda kontseptsiooni arutati esmakordselt laialdaselt 1952. aastal, kui Ernst Mayr tugines teiste varasemale teoreetilisele tööle, et tulla välja asutajaefekti ideega. Mayr näitas, kuidas väikesed isoleeritud populatsioonid võivad hakata oma suurematest vanempopulatsioonidest erinema, andes mõnikord lõpuks ainulaadse liigi. Sellest ajast peale on teised tema tööd dramaatiliselt edasi arendanud, viies läbi isoleeritud kogukondade pikaajalisi uuringuid ja kasutades täiustatud tööriistu nende populatsioonide organismide genoomide analüüsimiseks.
Klassikalises asutajaefekti näites eraldub väike rühm suuremast elanikkonnast, nagu amišid tegid seda reformatsiooni ajal. Kui väike rühm jääb endogaamseks, mis tähendab, et inimesed abielluvad kogukonna sees, võib see luua olukorra, kus geneetiline mitmekesisus on äärmiselt piiratud, kuna uusi liikmeid kogukonda ei võeta. See mõju on levinud isoleeritud usukogukondade ja saareelanike seas, kes mõlemad kipuvad olema suuremast elanikkonnast ära lõigatud.
Selle nähtuse üheks tagajärjeks on teatud geneetiliste tunnuste kalduvus koonduda. Kuna asutajakogukond on nii väike, siis kui ühel inimesel on geneetiline mutatsioon, võib see mutatsioon kogukonnas võimenduda. Näiteks amišitel on heksadaktiilsuse esinemissagedus palju suurem kui üldpopulatsioonil. Sugulusaretusega seotud probleemid on näide asutaja mõjust.
Kui asutajapopulatsioon jäetakse piisavalt kauaks üksi, võib see algpopulatsioonist nii radikaalselt erineda, et sellest saab täiesti uus liik. Charles Darwin märkis seda Galapagose saarte loomi uurides, kuigi ta ei mõistnud põhjust. Paljud inimesed nõustuvad, et asutajaefekt võib olla äärmiselt problemaatiline, kuna vähenenud geneetiline mitmekesisus võib põhjustada geneetiliste mutatsioonide avaldumise suurenemist. See on eriti murettekitav bioloogidele, kes püüavad päästa ohustatud liike, kuna nad peavad selle mõju minimeerimiseks vastutustundlikult kasvatama väikseid algpopulatsioone. See on üks põhjus, miks kaitsepargid pidevalt loomadega kauplevad.