Antigeeni ja antikeha sidumine toimub siis, kui antikeha tõmbab antigeeni külge ja kinnitub selle külge. Kinnitumisel tekitab antikeha keemilise reaktsiooni, mis lõpuks viib antigeeni hävimiseni. Ainult spetsiifilised antikehad võivad seostuda erinevat tüüpi antigeenidega, kuigi sarnase struktuuriga antigeene võivad rünnata samad antikehad. Antigeeni ja antikeha vaheline side on pöörduv, seega peab antikeha proovima luua antigeeniga mitu ühendust, et püsida ühenduses seni, kuni see antigeeni elimineerib.
Antikehi võib ligi tõmmata palju erinevaid antigeene, kuigi enamik neist on valguantigeenid. Paljud antigeenid, nagu viirused ja bakterid, on kahjulikud, samas kui teised, nagu õietolm või muud allergeenid, on ise kahjutud. Antikehad, mis on seotud antigeeni ja antikeha sidumisega, on tuntud kui immunoglobuliinid. Need on molekulid, mida toodab organismi immuunsüsteem võõrkehade hävitamiseks.
Immunoglobuliinidel võib teatud antigeenide suhtes olla kõrge või madal afiinsus. Kui afiinsuse tase on kõrge, on antigeeni ja antikeha seondumine tugev. See tugev seos immunoglobuliini ja antigeeni vahel võimaldab immunoglobuliinil käivitada keemiliste reaktsioonide kaskaadi, mis lõpuks laguneb ja hävitab antigeeni.
Isegi kui antikeha afiinsus antigeeni suhtes on äärmiselt kõrge, ei ole antigeeni-antikeha sidumine püsiv. Antigeenil on võimalik oma rünnaku kaitseks side antikehaga katkestada. Selle vastu võitlemiseks peab antikeha proovima seonduda antigeeniga mitmete erinevate ühenduste kaudu.
Antigeeni ja antikeha sidumine sõltub tavaliselt nõrkade elektrilaengute kasutamisest antigeeni ja antikeha kokku tõmbamiseks. Elektronide afiinsus sideme ühel küljel ja kerge negatiivne laeng teisel on nende kahte tüüpi molekulide seostumise kõige levinum põhjus. Sidemete tüübid, mis molekule koos hoiavad, võivad olla hüdrofoobsed, elektrostaatilised või vesiniksidemed või Van der Waalsi jõud.
Kogu antigeeni-antikeha sidumine on mittekovalentne, mis tähendab, et nad ei jaga elektrone. Need jäävad eraldiseisvateks molekulideks isegi siis, kui nad on omavahel seotud. See tähendab, et kui need lahku lähevad, on igaüks terve.