Antigeen on aine, mis stimuleerib immuunvastust. Antigeeniga kokkupuutel näeb keha seda võõrmaterjalina ja võtab meetmeid selle neutraliseerimiseks. Tavaliselt saavutab keha selle antikehade tootmisega, mille eesmärk on kaitsta keha potentsiaalselt ohtlike ainete sissetungi eest. Ainete testimiseks saab kasutada mitmeid meditsiinilisi teste, et teha kindlaks, kas keegi on haiguse või toksiiniga kokku puutunud või mitte.
Mõiste “antigeen” tuleneb arusaamast, et paljud võõrained stimuleerivad antikehade teket immuunsüsteemis. Need antikehad võivad olla kasulikud, nagu ka siis, kui keha õpib võitlema viirusega nagu leetrid, või võivad need olla kahjulikud allergiate korral. Nende antikehade unikaalsed signatuurid saab tuvastada meditsiinilise testimise käigus, mida saab kasutada selleks, et teha kindlaks, miks patsiendil ilmneb teatud sümptomite kogum.
Enamikul loomadel on nn adaptiivne immuunsüsteem. Immuunsüsteemis täidavad mitmed rakud spetsiifilisi funktsioone, mis aitavad immuunsüsteemil peremeesorganismi potentsiaalseid ohte ära tunda ja nendega toime tulla. Mõned neist rakkudest õpivad ära tundma aineid, mis ei pärine peremeesorganismist. Kui antigeen tuvastatakse, hoiatavad need rakud teisi rakke probleemist ja keha hakkab tegutsema.
Antigeenide allikaks võivad olla mitmed asjad. Inimene võib sisse hingata või alla neelata näiteks teiste organismide baktereid ja viirusi. Mürk võib olla ka allikas, kuna keha mõistab, et aine on võõras ja potentsiaalselt ohtlik. Siirdatud elundid ja koematerjal võivad samuti tekitada antikehavastuse, kuna keha ei tunne neid peremeesorganismi osana. Selle probleemi tõttu võtavad inimesed, kellele tehakse elundisiirdamine, immunosupressiivseid ravimeid, mille eesmärk on piirata vastust, nii et keha ei lükka sissetoodud elundit tagasi.
Mõnikord tekib kehas antigeenvastus millelegi, mis tegelikult ei ole kahjulik. Seda tuntakse paremini kui allergiat. Nendel juhtudel puutub keha kokku väikese koguse antigeeniga, nagu maapähklivõi, nisu või mesilase nõelamine. Immuunsüsteemi abistavad rakud märgistavad ainet, pannes keha tootma rakke, mis hakkavad ainele vastu, kui see uuesti kehasse ilmub. Kui tahtmatu inimperemees sööb maapähkleid, näksib röstsaia või teda nõelab uuesti mesilane, käivitab keha antikehareaktsiooni, mis võib põhjustada tõsist ebamugavust ja mõnikord isegi surma.