Alternatiivsed kauplemissüsteemid on väärtpaberitega kauplemiseks kasutatavad süsteemid. Need on heaks kiidetud väärtpaberi- ja börsikomisjoni poolt, kuid need tegutsevad väljaspool traditsioonilisi börse. Vastavalt Väärtpaberi- ja Börsikomisjoni määrusele ATS on alternatiivne kauplemissüsteem „mis tahes organisatsioon, ühendus, isik, isikute rühm või süsteem, mis moodustab, säilitab või pakub turgu või rajatisi väärtpaberite ostjate ja müüjate kokkuviimiseks või muul viisil täites väärtpaberite suhtes neid ülesandeid, mida tavaliselt täidab börs.
Elektrooniline sidevõrk (ECN) on alternatiivne aktsiate ja valuutade kauplemissüsteem. Aktiivseks kauplemiseks kasutatakse ECN-i, kus kauplemissüsteem sobitab ostu- ja müügikorraldused. Tellimused, mida ei saa sobitada, kuvatakse, et huvilised saaksid esitada vastavaid tellimusi. Eraisikud või maaklerid saavad liituda elektroonilise sidevõrguga. Instinet on esimene ja suurim elektrooniline sidevõrk.
Alternatiivsed kauplemissüsteemid on kasulikud turgudevaheliseks kauplemiseks, kuna mõnel muul börsil, näiteks New Yorgi börsil (NYSE) või Nasdaqis noteeritud aktsiatega saab kaubelda elektroonilistes sidevõrkudes. Alternatiivses kauplemissüsteemis kauplemisega seotud kulud kipuvad olema väiksemad, kuna tehingud tehakse elektrooniliselt. Rohkem inimesi pääseb turule alternatiivsete kauplemissüsteemide kaudu kui tsentraliseeritud turu, näiteks NYSE kaudu. See tähendab, et alternatiivsetes kauplemissüsteemides kaubeldavate väärtpaberite hinnad esindavad teoreetiliselt rohkem nende tegelikku väärtust, kuna vabaturu pakkumise ja nõudluse jõud toimivad piiramatult.
Kui institutsionaalne investor soovib osta või müüa suures koguses teatud väärtpaberit, võib tehingu tegemisele traditsioonilisel börsil eelistada alternatiivset kauplemissüsteemi, kasutades ristvõrku. Suure aktsiaploki ost või müük traditsioonilisel börsil võib sageli selle väärtpaberi hinda muuta. Kauplemine ristumisvõrgus, mis sobitab korraldusi ilma neid börsi- või elektroonilise sidevõrgu kaudu suunamata, seda ei tee, sest ostu- ja müügikorraldused sobitatakse ja täidetakse anonüümselt. Nendel alternatiivsetel kauplemissüsteemidel ei ole tsentraliseeritud turgudega sarnaselt hinnapakkumist üles või alla.
Teine alternatiivse kauplemissüsteemi tüüp on kõneturg. Kõneturul on paljud tellimused rühmitatud. Kui korraldused jõuavad teatud mahuni, täidetakse korralduste grupp samal ajal. See suurendab tõhusust ja vähendab kulusid.