Subühikvaktsiin on vaktsiin, mis sisaldab viirusest eraldatud valke, kuid millel puudub viiruse nukleiinhape. Need vaktsiinid paljastavad keha antigeenidega, et ta saaks õppida neid ära tundma, ilma et see ohustaks organismi viiruse replikatsiooni ja sellele järgneva nakatumise ohtu. Subühikvaktsiinidena on saadaval mitu gripivaktsiini ja paljud ravimifirmad töötavad selle tehnoloogia rakendamise kallal ka teist tüüpi vaktsiinide väljatöötamisel. Subühikvaktsiini kasutamise peamine eelis on see, et see on väga ohutu isegi kahjustatud immuunsüsteemiga inimestele.
Subühikvaktsiinide valmistamiseks eemaldavad farmaatsiaettevõtted kõik, välja arvatud spetsiifiliste ja ainulaadsete antigeenidega seotud valgud. Geenitehnoloogia abil saab organisme manipuleerida nii, et nad ekspresseerivad neid valke suures koguses vaktsiini tootmiseks. Subühikvaktsiin ei ole virulentne, kuna see ei sisalda viiruse geneetilist materjali, vaid ainult viiruse välispinnal olevaid valke.
Nende vaktsiinide manustamisel õpib immuunsüsteem antigeene ära tundma ja arendab spetsiifilisi antikehi. See tagab, et kui viirus siseneb kehasse, tuvastab immuunsüsteem selle ja suunab selle hävitamisele enne, kui see saab hakata paljunema ja haigusi põhjustama. Kuna subühikuvaktsiinis sisalduv materjal ei ole võimeline paljunema, on kõrvaltoimete oht väga madal ja vaktsiinid on nõrga immuunsüsteemiga inimestele kasutamiseks ohutud.
Üks alaühiku vaktsiini tootmistehnika probleem on see, et mõnikord denatureerib valkude eraldamine neid, põhjustades nende erineva kuju. Immuunsüsteem arendab denatureeritud valkude vastu antikehi, kuid ei tunne viirusvalke in situ viiruse kattel ära. Mõned teadlased on selle probleemiga tegelenud, luues rekombinantsed subühikvaktsiinid, kus ohtliku viiruse valgud kombineeritakse healoomulise viirusega, et neid vaktsiini kujul manustada. See takistab valkude denatureerumist ja õpetab immuunsüsteemi viiruse pinnal olevaid valke ära tundma.
Spetsiifiliste valkude eraldamine annab võimaluse vaktsineerida mitme viiruse tüve vastu, mis on gripivaktsiinide oluline omadus. Inimese immuunpuudulikkuse viiruse vaktsiinide uurimine on hõlmanud ka alaühikute vaktsiinide väljatöötamist, mis võiksid kasutada spetsiifilisi valke, et õpetada keha HIV-i ära tundma ja elimineerima, ilma et see ohustaks inimesi viiruse replikatsiooni ja HIV-nakkuse tekkeks.