16S rDNA on prokarüootse DNA osa, mis kodeerib kõigis bakterites leiduvat geeni. Bakterid on prokarüootsed, mis tähendab, et nad ei sisalda raku tuuma ega organelle, seega hõljub DNA nendes üherakulistes organismides vabalt. 16S rDNA geen kodeerib RNA ahelat, mis moodustab osa ribosoomist. Seda RNA ahelat nimetatakse ribosomaalseks RNA-ks või rRNA-ks. R tähistab 16S rDNA-s ka ribosoomi ja näitab, et see on geen, mis kodeerib osa ribosoomist bakterirakus.
Ribosoomid koosnevad kahest allüksusest, väikesest subühikust ja suurest subühikust. Kui kaks subühikut ühinevad, söödetakse läbi messenger RNA (mRNA) ja transleeritakse valkude moodustamiseks. Bakterirakkudes moodustab 16S rDNA geenist transkribeeritud rRNA ribosoomi väikese subühiku. 23S rDNA ja 5S rDNA geenid kodeerivad rRNA-d, mis moodustavad ribosoomi suure subühiku.
16S rDNA geeni kasulikuks peetakse mitmel põhjusel. Esimene on see, et enamik teadlasi kasutab praegu organismide iseloomustamiseks füüsikaliste omaduste asemel DNA-d. Teiseks leidub seda geeni ainult bakterirakkudes, mis tähendab, et see on kasulik kindlaks teha, kas rakk on bakteriaalne või pärit taimest, loomast või seenest. Lõpuks on see teiste bakterites leiduvate geenidega võrreldes üsna lühike, mis muudab järjestamise palju lihtsamaks ja odavamaks.
16S rDNA geen on üks kõige konserveeritumaid geene. See tähendab, et see on aja jooksul väga vähe muutunud või varieerub rakuti väga vähe. Isegi organismidel, mis on kaugelt sugulased või mis on arenenud kaua aega tagasi, on 16S rDNA järjestused, mis on väga sarnased.
Teadlased kasutavad seda geeni, nagu ka teisi ribosomaalseid geene, et mõõta taksonoomiat, fülogeneesi ja lahknemise kiirust. Taksonoomia on meetod organismide teaduslikuks liigitamiseks sarnasteks taksoniteks või rühmadeks. Fülogeneesis vaadeldakse organismide vahelisi evolutsioonilisi suhteid. Lahknemise määr on meetod erinevate bakteriliikide moodustumise ja nende esivanematest lahkumise kiiruse hindamiseks.
Mikroorganismides on 16S rDNA geeni uurimist kasutatud selleks, et uurida, kuidas üherakulised organismid on omavahel seotud. Eelkõige märgitakse üles kõik geeni variatsioonid ja võrreldakse neid teiste bakterirakkudega. Nende erinevuste uurimine võimaldab teadlastel moodustada evolutsioonilisi seoseid erinevate organismide vahel.