Kuigi paljud jooksjad tunnetavad paljajalu jooksmise eeliseid kohe, ei pruugi teised jooksjad olla veendunud, et see treening on ohutu või kasulik, mistõttu kipub arutelu jätkuma. Mõned uuringud on jõudnud järeldusele, et paljajalu jooksmise eelised hõlmavad väiksemat koormust jalgadele ja säärtele, samas kui teised väidavad, et kasu on tühine või isegi olematu. Paljajalu joostes liigub jalg loomulikumalt, mitte polsterdatud kingas jooksmisel, mis võib vähendada pehmete kudede vigastuste või isegi jalaluumurdude ohtu.
Paljajalu jooksmise eelistest võib-olla kõige olulisem on paljajalu jooksjate vähenenud mõju. Polsterdatud kingades jooksvad inimesed kipuvad jooksusammu ajal maanduma enne kanna, mis tähendab, et märkimisväärne osa jõudu kandub üle jalgadele ja säärtele. Paljajalu jooksjad kipuvad aga maanduma hoopis jalapallidele, mis pehmendab lööki põhjalikumalt ning takistab sama suure jõu ülekandumist jalgadele ja säärtele. Paljajalu jooksmise eelised tähendavad sel juhul väiksemat vigastuste tõenäosust ja enneaegse väsimuse vähenemist.
Polsterdatud tossudega jooksmine võib tegelikult jalga nõrgendada, pakkudes liigset tuge võlvile ja kannale. Nõrgem jalg tähendab suuremat vigastuste tõenäosust, eriti jalas ja pahkluus. Üks paljajalu jooksmise eeliseid on võime tugevdada lihaseid, kõõluseid, sidemeid ja isegi kõhre kogu jala ulatuses, mis vähendab vigastuste tõenäosust ning võib suurendada jalgade ja jalgade liikuvust ja stabiilsust. Üleminek jalanõudega jooksmiselt paljajalu jooksmisele tuleks siiski teha ettevaatlikult ja järk-järgult, kuna nõrgenenud jalg ei harju uue keskkonnaga. Jooksja kõnnakut tuleb võib-olla kohandada nii, et ta maanduks joostes jalapallidele, mitte kandadele.
Paljajalu jooksmise üheks võimalikuks miinuseks on kokkupuude elementidega ning ebaühtlane või ebamugav maastik. Isegi pärast seda, kui jalgadel tekivad kallused, võib jooksja saada maapinnale laiali puistatud prahist torkehaavu, mis võib omakorda põhjustada nakkusi, nagu teetanus. Erinevat tüüpi prahist üle jooksmine võib samuti olla mõne jooksja jaoks ebamugav ning on suurem oht saada muid vigastusi, nagu näiteks varbad, mis võivad põhjustada luumurde. Spetsiaalsed polsterdamata jalatsid, millel on üksikud varvaste pilud, on välja töötatud, et võimaldada jala loomulikku liikumist, pakkudes samal ajal kaitset prahi eest.