Kondoomi tõhusust mõjutavad mitmed tegurid, eriti see, kuidas nii meeste kui ka naiste kondoomi kantakse ja kasutatakse. Kondoomi vanus ja seisukord võivad samuti piirata selle võimet vältida sugulisel teel levivaid haigusi (STD) ja rasedust. Need tegurid võivad oluliselt suurendada soovimatu raseduse tõenäosust.
Uuringud on näidanud, et paljud mehed ei pane kondoomi pähe ega kanna seda korralikult. Meeste kondoomi liiga jämedalt või pahupidi panemine võib selle rebeneda või nõrgendada, vähendades seeläbi kondoomi efektiivsust. Liiga väikese või liiga suure kondoomi kasutamine võib samuti piirata selle võimet vältida rasedust ja suguhaigusi. Kondoom, mis on liiga pingul või asetatud ilma piisavalt ruumi otsa otsa, võib suurendada rebenemise või purunemise ohtu; liiga suur kondoom kukub suurema tõenäosusega maha või valgub maha. Sel põhjusel peaksid mehed ostma ja kasutama õige suurusega kondoome ning kasutama neid täpselt nii, nagu pakendil on kirjas.
Naiste kondoomidel võib olla sarnaseid probleeme. Valesti istuva naiste kondoomi kasutamine võib põhjustada selle liikumist vahekorra ajal, suurendades rasestumise võimalust ja võimalust nakatuda suguhaigusesse. Naiste kondoome peetakse tavaliselt 5–10 protsenti vähem tõhusaks kui meeste kondoome.
Võimalik, et üks suurimaid kondoomi tõhusust mõjutavaid tegureid on eseme kasutamine. Seda tüüpi rasestumisvastaseid vahendeid optimaalse kaitse tagamiseks tuleks seda kanda enne igat süstimist ja kogu toimingu ajal. Kondoomi pealepanemine pärast vahekorda juba alanud võib oluliselt suurendada sugulisel teel leviva haiguse edasikandumise või nakatumise riski ja rasestumise tõenäosust.
Nii meeste kui ka naiste puhul määrab kondoomi tõhususe suuresti kondoomi kvaliteet. Igal kondoomil on kõlblikkusaeg, mis on trükitud iga üksiku kondoomi karbile ja pakendile. Vana kondoomi kasutamine võib suurendada tõenäosust, et see puruneb või sellesse tekivad pisarad või augud. Enne iga kasutuskorda pakendil oleva kuupäeva kontrollimine aitab probleemi lahendada.
Isegi enne kondoomi kehtivusaja lõppu võib see kahjustuda. Kondoome tuleb hoida pakendi sees jahedas ja kuivas kohas kuni vahetult enne kasutamist. Kui hoiate seda rahakotis, rahakotis või autos, võib see sattuda kõrge kuumuse ja muude esemete põhjustatud kahjustuste kätte, mis vähendab kondoomi efektiivsust. Kondoome ei tohi kunagi hoida otsese päikesevalguse käes ega hoida soojusallikate läheduses, kuna need võivad kahjustada nende terviklikkust.
Enne kasutamist tuleb kondoomi üle vaadata ja seda tohib kasutada ainult üks kord. Kui kondoom on kollane, pragunenud või kuiv, ei tohi seda kasutada. Uuringud on näidanud, et kui meeste kondoomi kasutatakse ideaalselt, rasestub kaks naist 100-st. Kui seda kasutatakse valesti, hüppab see arv 15 naiseni 100-st. Naiste kondoom, kui seda õigesti kasutada, põhjustab rasestumist viiel naisel 100-st; kui seda kasutatakse valesti, tekib rasedus 21 naisel 100-st.