Jaapani aedu tähistatakse kogu maailmas ja need on tuntud oma minimalistliku lähenemise poolest. Lisaks teatud tüüpi taimedele kasutatakse sageli ruumi ja tühjuse ideed. Mida pole, on peaaegu sama oluline kui see, mis on. Seega tuleks Jaapani aeda taimi otsides kõigepealt soovitada, et nad oma aeda üle ei täidaks. Mõned taimed, mis on hoolikalt paigutatud, teevad palju rohkem kui tonnid taimed, mis võivad vähendada rahutunnet, mida paljud sellistest aedadest leiavad.
Mõnikord arvavad inimesed, et Jaapani aias puuduvad õistaimed. See pole kindlasti tõsi ja tavaliselt kasutatakse mitut tüüpi asalead. Sõltuvalt piirkonnast võivad asalead pakkuda aastaringselt ilusat rohelist lehestikku ja neil on ilus õitsemine. Mõned asaleatüübid õitsevad kaks korda aastas ja õied püsivad väga kaua. Jaapani iirised on veel üks populaarne taim, mis annab ulatuslikku värvi. Hea valik on ka õitsev või dekoratiivne küdoonia, kuna see pakub kesktalvel värvi.
Erinevad pinnakatte tüübid on Jaapani aias väga olulised ja peamine valik on sammal. Valikus on palju erinevaid samblaid. Teised vastuvõetavad pinnakatted võivad hõlmata selliseid asju nagu beebipisarad, samblataoline taim, millel on teadaolev levimisvõime ja igihaljaste lehtedega taim.
Teatud õitsvad puud võivad Jaapani aedades populaarsed olla. Nende hulka võivad kuuluda kirsi- ja ploomipuud, sageli dekoratiivsed. Kirsipuudest ja Aasia aedadest räägitakse palju, kuid aiad ei pea neid hõlmama. Teised õitsvad puud, mida aednikud võiksid kaaluda, on kreppmürt, ehkki see on vaieldamatult üks räpasemaid puid, mida inimesed saavad valida, kuna see heidab lehti, õisi ja koort erinevatel aastaaegadel.
Mõned Jaapani aia kõige olulisemad taimed on erinevat tüüpi Jaapani vahtrad. Paljudes aianduspoodides on palju valikuid ja nende sorte. Sama olulised on okaspuud, tavaliselt väiksemad männid, mida saab vastavalt vajadusele vormida ja kärpida. Populaarsed on ka suured põõsad, nagu bambus, ja muud põõsad, mida tuleks arvestada, võivad hõlmata rododendroneid. Väga suurtesse aedadesse võib mahutada palju suuremaid puid, näiteks paju, kuid nende tõttu võib väike aed tunduda ülerahvastatud ja ülekoormatud.
Kuigi kiviaedu peetakse tavaliselt taimedega Jaapani aedadest eraldiseisvaks, on hea mõte vaadata aiakujundust, et näha, kuidas kive ja mõnikord ka väiksemaid kive kasutatakse. Kõik, alates kruusast kuni suuremate kivideni, võib olla osa Jaapani aiast. Ka jalgteed ja astmekivid saab projekteerimisskeemi integreerida ja neid tuleks kaaluda.