Vesinikkütusel töötavate autode peamine eelis on vähenenud sõltuvus fossiilkütustest. See võib mõnele riigile pakkuda nii keskkonnakasu kui ka kohalikke eeliseid. Kuna vesinikkütusega autod ei põleta fossiilkütuseid, saab piiratud ressursse ümber suunata muuks kasutuseks. Vesinikkütusel töötavate autode laialdane kasutamine võib kaasa tuua ka vähem saastet, kuna need sõidukid toodavad töö kõrvalproduktina ainult soojust ja vett. Nendest sõidukitest saavad kasu ka riigid, mis sõltuvad suuresti välismaistest naftaallikatest, kuna need võivad potentsiaalselt vähendada välismaist naftasõltuvust.
Vesinik on universumis kõige levinum element ja selle saamiseks on palju erinevaid viise. Enamik saadaolevatest vesinikuallikatest hõlmab elemendi sidumist keerukamate ainetega. Mõnda neist allikatest, näiteks vett, on palju. Teised vesinikuallikad, nagu maagaas, on taastumatud ressursid. Kui vesinikku ammutatakse taastumatutest ressurssidest, kaotavad paljud potentsiaalsed eelised enam-vähem ära.
Peamine väljakutse vesinikkütusega autode täieliku potentsiaali realiseerimisel on kütuseallika ammutamine puhtal ja taastuval viisil. Samamoodi nagu elektrisõidukid on saasteallikad, kui neid laetakse söeküttel töötava elektrijaama elektriga, võib saastet tekitada ka sellest elektrist eraldatav vesinik. Et vesinikku saaks pidada tõeliselt saastevabaks, peab see olema ammutatud muudest allikatest peale maagaasi ning protsessi läbiviimiseks kasutatav energia peaks samuti olema taastuv. Kui need eesmärgid on täidetud, võivad vesinikkütusega autod pakkuda suhteliselt puhast ja saastevaba transpordiviisi.
Protsessi kõrvalsaadused, mida vesinikkütuseelement kasutab elektri tootmiseks, on tavaliselt soojus ja vesi. See erineb bensiinimootoriga sisepõlemismootorist, mis tavaliselt eraldab süsinikdioksiidi, süsinikmonooksiidi ja mitmesuguseid tahkeid osakesi, millel võib olla kahjulik mõju keskkonnale ja inimeste tervisele. Nende kahe sõidukitüübi heitkoguste erinevus võib olla kasulik nii inimeste tervisele kui ka keskkonnale.
Mõned riigid saavad kasu ka vesinikkütusega autodest, kuna see alternatiivne kütuseallikas võib vähendada nende sõltuvust välismaisest naftast. Sellisel juhul ei pruugi vesiniku allikas ja selle tootmiseks kasutatav elekter reostuse seisukohalt niivõrd oluline olla. Veelgi olulisem tegur on see, kust vesinik pärineb, kuna riigi kohalikud allikad võivad võimaldada sellel riigil importida vähem fossiilkütuseid.