Varfariini kõrvaltoimete hulka kuuluvad hemorraagia, nekroos, luutiheduse vähenemine ja lilla varba sündroom. Need kõrvaltoimed on sageli põhjustatud varfariini koostoimest tavaliste ravimite ja mõne toiduga. Varfariini kõrvaltoimeid tuleb hoolikalt jälgida, et tagada selle piisav ja ohutu annus. Varfariinravi varases staadiumis võib osutuda vajalikuks iga päev patsiendi vereanalüüs. Selle testimise peamine eesmärk on tagada, et varfariin ei põhjustaks patsiendil hemorraagiat.
Hemorraagia on varfariini üks levinumaid kõrvalnähte ja seda esineb kuni 2.7 protsendil juhtudest. Enne varfariini väljakirjutamist peab arst alati kaaluma kasu ja hemorraagia riski. Konkreetsed näited varfariinist põhjustatud hemorraagiast on verevalumid, vere köhimine, ninaverejooks ja verine uriin. Hemorraagia oht suureneb veelgi, kui varfariini kombineeritakse mittesteroidsete põletikuvastaste ja trombotsüütidevastaste ravimitega. Hemodialüüsi saavatel patsientidel ja eakatel on varfariini võtmisel suurem risk hemorraagia tekkeks.
Nekroos on varfariini üks haruldasi kõrvalnähte, mis mõjutab peamiselt nahka ja jäsemeid. See esineb kõige tõenäolisemalt patsientidel, kellel on C-valgu vaegus, teine antikoagulant, mis vajab K-vitamiini. Varfariin vähendab esialgu C-valgu taset veres kiiremini kui hüübimisfaktoreid. See võib põhjustada massilisi verehüübeid, mis võivad põhjustada nekroosi ja gangreeni. Varfariini nekroosi riskiga patsiendid saavad tavaliselt hepariini koos varfariiniga.
Luutiheduse vähenemine, tuntud ka kui osteoporoos, võib samuti olla üks varfariini kõrvaltoimeid. 1999. aastal läbi viidud uuring, milles osales 572 varfariini võtvat naist, näitas roiete ja lülisamba luumurdude sagenemist. Teine meeste uuring 2006. aastal seostas varfariini kasutamist vähemalt ühe aasta jooksul osteoporoosist tingitud luumurdude riski suurenemisega 60%. Varfariinist tingitud suurenenud osteoporoosi risk võib olla tingitud sellest, et mõnede luuvalkude moodustumisel on vaja K-vitamiini.
Lilla varba sündroom on varfariini üks haruldasi kõrvaltoimeid. Esmane sümptom on sinine või lilla värvuse muutus, mis mõjutab kõige enam suurt varvast, kuid võib esineda ka jalgade muudes osades. Lilla varba sündroom tekib tavaliselt kaheksa nädala jooksul pärast varfariinravi alustamist. Lillade varvaste sündroomi tõenäoline põhjus on kolesterooli ladestumine jalanahasse.