Vaimse alaarengu võimalikke põhjuseid on palju, kuid kõige levinumad on infektsioonid, mis arenevad sündimata lapsel või vahetult pärast sündi. Muudel juhtudel on süüdi kromosoomide kõrvalekalded. Pärilikud häired, traumaatilised vigastused ja toitumisvaegused võivad mõnikord põhjustada ka vaimset alaarengut. Põhimõtteliselt võib kõik, mis toimub enne inimese sündi, varsti pärast sündi või lapsepõlves, mis muudab aju arengut, viia vaimse alaarenguni. Oluline on aga meeles pidada, et paljude mahajäämusjuhtumite põhjuseid ei avastata kunagi.
Infektsioonid, mis tabavad last veel emakas viibides, vahetult pärast sünnitust või lapsepõlves, võivad põhjustada vaimse alaarengu, kui need mõjutavad aju arengut negatiivselt. Infektsioonid, mis võivad põhjustada vaimse alaarengu või soodustada selle arengut, on tuberkuloos, kopsuhaigus; entsefaliit, mis on ajupõletik; punetised, mida nimetatakse ka saksa leetriks; ja toksoplasmoos, mida põhjustavad parasiidid. Täiendavad infektsiooniga seotud põhjused hõlmavad listerioos, mida põhjustavad bakterid; meningiit, mida iseloomustab aju ja seljaaju membraanide põletik; ja tsütomegaloviirus, teatud tüüpi herpesviirus. Isegi inimese immuunpuudulikkuse viirus (HIV), viirus, mis põhjustab omandatud immuunpuudulikkuse sündroomi (AIDS), võib põhjustada vaimset alaarengut.
Kromosoomide kõrvalekalded on ka vaimse alaarengu põhjuste hulgas. Näiteks enne sündi esinevad kõrvalekalded, nagu Downi sündroom, võivad põhjustada vaimset alaarengut. Seda võivad põhjustada ka pärilikud kromosoomiprobleemid, näiteks ebanormaalsus, mida nimetatakse habras X-sündroomiks. Lisaks võib inimene sündida vaimse alaarenguga, kui geen asub kromosoomis vales kohas.
Mõned pärilikud häired on ka vaimse alaarengu võimalike põhjuste hulgas. Näiteks võib inimene olla vaimselt alaarenenud Hunteri sündroomi, häire, mille korral suhkrumolekule koguneb liiga palju, või Hurleri sündroomi, haruldase haiguse, millega kaasneb suhkru metabolismi, tagajärjel. Retti sündroom ja Tay-Sachsi tõbi, mis mõlemad hõlmavad närvisüsteemi, võivad samuti põhjustada vaimset alaarengut. Fenüülketonuuria (PKU), mida iseloomustab võimetus lagundada ainet nimega fenüülalaniin, on samuti üks vaimse alaarengu põhjuseid.
Vaimsel alaarengul on ka toitumisalased põhjused. Kui laps on näiteks alatoidetud, võib ta suurema tõenäosusega kannatada vaimse alaarengu all. Alatoitumus võib tuleneda toitumisest, mis ei sisalda head toitainete tasakaalu, toitainete imendumisprobleemidest, toidupuudusest ja teatud haigusseisunditest, mida ei ravita.
Traumaatilised vigastused põhjustavad mõnikord ka vaimset alaarengut. Seda võib põhjustada sünniaegne ajuvigastus, samuti lapsepõlves rasked peavigastused. Seda võib põhjustada ka aju hapnikupuudus. Lisaks võib enne või pärast sündi tekkiv ajuverejooks põhjustada vaimset alaarengut.