Väikeajukahjustus võib tekkida erinevatel põhjustel, kusjuures kõige levinumate põhjuste hulgas on traumaatiline ajukahjustus ja insult. Muud võimalikud väikeaju kahjustuse põhjused võivad hõlmata selliseid haigusi nagu hulgiskleroos, degeneratiivsed ajuhäired või teatud geneetilised mutatsioonid. Selle ajupiirkonna kahjustus võib tekkida ka alkoholi kuritarvitamise või teatud vähivormide tõttu. Kõiki küsimusi või muresid väikeaju kahjustuse kohta konkreetses olukorras tuleks arutada arsti või muu meditsiinitöötajaga.
Traumaatiline ajukahjustus on väikeaju kahjustuse tavaline põhjus. Seda tüüpi vigastused on tavaliselt põhjustatud sellistest olukordadest nagu autoõnnetused, töövigastused või tahtlik nüri jõuga peatrauma. Mõned kõige sagedamini teatatud väikeaju kahjustuse sümptomid on segane kõne, tasakaalukaotus ja koordinatsiooni puudumine. Kõigist nendest sümptomitest tuleb viivitamatult arstile edasiseks arstlikuks hindamiseks teatada.
Insult on väikeaju kahjustuse teine peamine põhjus. Insult, mida nimetatakse ka tserebrovaskulaarseks õnnetuseks, tekib siis, kui aju verevarustuses on järsk häire. Mõjutatud ajupiirkond ei suuda siis normaalselt funktsioneerida, mis mõnikord põhjustab püsivat ajukahjustust. Paljudel juhtudel on insuldi tagajärjel tekkinud kahjustus ajutine, kuigi mida kauem on verevarustus katkenud, seda suurem on oht, et kahjustus muutub püsivaks.
Sclerosis multiplex on meditsiiniline seisund, mis põhjustab aju- ja seljaaju närve ümbritseva kaitsekatte kahjustusi. See kahjustus võib põhjustada väikeaju kahjustusi, olenevalt kahjustustest mõjutatud ajupiirkonnast. Degeneratiivsed ajuhäired on rühm haigusseisundeid, mis põhjustavad ajufunktsiooni järkjärgulist kaotust, mõjutades mõnikord väikeaju ja põhjustades ajutist või püsivat väikeaju kahjustust. Mõned pärilikud geneetilised mutatsioonid võivad põhjustada aju närvifunktsiooni järkjärgulist kaotust, mis sageli põhjustab püsivat ajukahjustust.
Krooniline alkoholi kuritarvitamine, tavaliselt mitme aasta jooksul, võib põhjustada väikeaju kahjustamist. See võib põhjustada sümptomite aeglast progresseerumist, mida võib olla raske diagnoosida, kuni kahjustus on muutunud nii tõsiseks, et seda ei saa enam tagasi pöörata. Mõned pahaloomulised kasvajad või vähitüübid võivad mõjutada väikeaju nõuetekohast toimimist. Kui esineb kasvaja või muud tüüpi ummistus, võib kiire ravi takistada kahjustuse muutumist püsivaks.