Kuigi see on suhteliselt haruldane, on mõned inimesed tomatite suhtes allergilised ja neil võib nende söömisel tekkida mitmeid ebameeldivaid sümptomeid, eriti kui need on toored. Sümptomid tekivad tavaliselt esmalt suus ja selle ümbruses, kusjuures huuled, keel ja kõri hakkavad esmalt sügelema ja seejärel sageli turse. Mõnel inimesel võib ka teistel nahapiirkondadel tekkida nõgestõbi või sügelev lööve. Sageli esinevad ka seedetrakti sümptomid, sealhulgas iiveldus, oksendamine ja kõhulahtisus. Raskem süsteemne reaktsioon võib põhjustada hingamisraskusi, minestamist ja isegi anafülaktilist šokki või surma.
Esimene koht, kus tomatiallergia sümptomid sageli ilmnevad, on esmakordselt kokku puutunud piirkond: suu. Sageli hakkab allergiline inimene vahetult pärast söömist sügelema oma huultel ja ümber, keelel ja isegi kurgus. Sellele järgneb sageli samade piirkondade turse. Kurgu turse võib olla eriti problemaatiline, kuna see võib hingamist raskendada.
Tomatiallergia võib põhjustada nahareaktsiooni ka mujal kehas. Mõnel inimesel tekib sügelev nõgestõbi, mis võib tekkida mõnel või kogu nahal. Neil võib tekkida ka lööve, mis võib olla püsiv, kui nad ei võta tomateid oma dieedist välja.
Allergiahoo ajal võib keha püüda allergeenist vabaneda seedetrakti reaktsiooniga. Allergiline inimene võib tunda iiveldust ja hakata oksendama, et tomat välja saada. Tal võib keha reaktsiooni osana olla ka kõhulahtisus.
Mõnel juhul võib allergia tomatite vastu olla tõsine ja põhjustada tõsiseid sümptomeid. Samuti on üsna tavaline, et allergiline reaktsioon algab üsna kergelt ja süveneb iga järgneva episoodiga järk-järgult. Need, kellel on tõsine tomatiallergia, võivad vilistada ja neil on raske hingata. See võib põhjustada vererõhu langust, mis võib põhjustada pearinglust ja minestada. Kui ta ei saa kiiresti arstiabi, võib reaktsioon lõppeda anafülaktilise šoki, südame- või hingamispuudulikkuse ja isegi surmaga.
Tomatiallergiaga inimesed võivad samuti soovida olla ettevaatlik sama perekonna taimede allaneelamisel. Kaks tihedalt seotud toitu, mis tavaliselt põhjustavad sümptomeid tomatiallergiaga inimestel, on kartul ja baklažaan. Ka tubakas on tomatiga tihedalt seotud, mistõttu võib ka suitsetamine mõnikord põhjustada allergilist reaktsiooni.