Toidu tagasivõtmisel on palju põhjuseid. Kui on põhjust kahtlustada terviseriski mõnes toiduainete töötlemise ja pakendamise etapis, määratakse toidu tagasikutsumine. Toidu tagasikutsumise levinumad põhjused on mikrobioloogiline saastumine, võõrkehade esinemine ja vead märgistusel.
Salmonella bakteritega saastumine on toidu tagasivõtmise kõige levinum põhjus. See bakter elab inimeste või loomade väljaheites ja kandub edasi teistele inimestele või loomadele. Enam kui 2,300 salmonellatüübist on kaks levinumat tüüpi salmonella enteritidis ja salmonella typhimurium. Need kaks salmonella tüüpi põhjustavad poolte inimeste nakatumistest. See bakter ei mõjuta selle toidu maitset, välimust ega lõhna, milles see on.
Salmonella on ainult üks mikrobioloogiline saaste, mis põhjustab toidu tagasivõtmist. Mikrobioloogilist saastumist võivad põhjustada kõik toidus elavad bakterid. L. monocytogenes ja E. coli on kaks kõige levinumat saastetüüpi pärast salmonelloosi. Sarnaselt salmonellaga ei mõjuta need bakterid toitu märgatavalt enne toidu tarbimist, mil mõju on väga märgatav ja sarnaneb gripi sümptomitega.
Muud toidus leiduvad võõrained on toidu tagasivõtmise sagedased põhjused. Mõnikord pakitakse või isegi keedetakse toidu sisse võõrkehi. Kõige tavalisemad võõrkehade tagasivõtmise tüübid on tingitud metalli, klaasi ja plasti olemasolust. Need toiduained kutsutakse tagasi, et kaitsta elanikkonda lämbumisohu ja siseorganite kahjustamise eest. Muud tüüpi materjalid, mis võivad põhjustada tagasikutsumist, on kummi, taimsed ained või loomade või putukate saastumine.
Toidu tagasikutsumine on alates 2004. aastast märkimisväärselt suurenenud allergeenide märgistusel tehtud vigade tõttu. Valesti märgistatud toiduained tuleb rahvatervise riskide vältimiseks tagasi kutsuda. Kui toiduained sisaldavad pähkleid, piima või muid aineid, mille suhtes suur elanikkond on allergiline, tuleb see märgistusel selgelt välja tuua. Nii on toiduallergiatel inimestel lihtsam olla kursis sellega, mida nad seedivad, ja vältida allergilisi reaktsioone, mis võivad lõppeda surmaga.
Tootmisprobleemid on ka toidu tagasivõtmise sagedaseks põhjuseks. Tootmisprobleemid kirjeldavad üldiselt düsfunktsiooni toidu töötlemisel ja pakendamisel. Need probleemid võivad hõlmata vigu märgistamisel või väliste saasteainete lubamisel toidus. Mõnikord on saasteallikaks toote pakend. Plii ja muud toksiinid võivad lekkida toiduainetesse konteineritest, millesse need pannakse.