Tegevusauditis on tavaliselt kuus etappi, mis ulatuvad ettevalmistavast tööst intervjuude läbiviimisest ja dokumentide kogumisest kuni kirjaliku lõpparuande esitamiseni. Audit tuleks kohandada ettevõtte spetsiifilistele vajadustele vastavaks, nii et standardsed sammud võivad olla ainult juhised. Juhtkond ning selle sise- ja välisaudiitorid kohandavad protsessi vastavalt ettevõtte konkreetsetele eesmärkidele.
Tegevusaudit on ettevõtte sisemiste protsesside ülevaade. Selle eesmärk on kindlaks teha, kas ettevõtte ressursse kasutatakse tõhusalt, ja leida viise süsteemide täiustamiseks. Ülevaatus hõlmab erinevaid ülesandeid, nagu finantskontroll, seadmete seisukord ja inimressursside eraldamine. Suurematel ettevõtetel on tavaliselt siseauditi osakond, mis tegeleb tegevusauditiga. Mõned ettevõtted kaasavad auditi tegemiseks või sisemiste töötajatega koostööks väliskonsultante, kes on spetsialiseerunud tegevusülevaatele.
Tegevusauditi esimene samm on eelseisva ülevaatuse struktureerimine. See võib hõlmata koosoleku korraldamist, et visandada ootused ja vastata protsessi puudutavatele küsimustele. Välisaudiitor kasutab seda sammu ettevõtte kohta asjakohase teabe kogumiseks ning auditi eesmärkide ja eesmärkide seadmiseks. See sissejuhatav samm määrab läbivaatamise ulatuse.
Auditi teine ja kolmas etapp on juhtkonna ja töötajate küsitlused. Juhtidega küsitletakse tavaliselt ettevõtte süsteemide ja protseduuride üksikasju. Töötajaid intervjueeritakse ja jälgitakse nende töökeskkonnas. Vaatlemine võib anda olulisi arusaamu toimimispuudujääkidest, mis intervjuu käigus ei ilmneks.
Auditiplaani esitamine on tavaliselt tegevusauditi neljas etapp. Auditiplaan on kirjalik päevakord, mis kirjeldab samme, mida ettevõte peab auditi lõpuleviimiseks järgima. See on kohandatud ja põhineb teabel, mille audiitor eelmistes etappides kogus.
Viies samm on tegelik audit. Audiitor viib ellu auditiplaani, mis sisaldab tavaliselt ettevõtte tootlikkuse ja müügitegevuse ülevaatamist. Finantspoolelt hindab ta arveldamise, rahavoogude juhtimise ja aruandlusprotsesse. Tavaliselt kaasatakse auditisse ka ettevõtte riskijuhtimise protseduurid. Tegevusaudit võib hõlmata neid ja muid valdkondi, mis juhtkonna arvates vajavad kolmanda osapoole hinnangut.
Kuuendas etapis koostab audiitor lõpliku kirjaliku aruande. See kirjeldab tema järeldusi ja soovitusi. See aruanne võib olla sadu lehekülgi pikk, olenevalt ettevõtte suurusest ja auditisse kaasatud tegevusvaldkondade arvust.