Kõige sagedasemad suuvee kõrvaltoimed on suu limaskesta ärritus ja põletustunne suus. Suuvee maitse võib püsida tunde, muutes toidu maitse metalliliseks, mõruks või vürtsikaks. Põletava suu kõrvalmõju leevendamiseks võib kasutada peenema maitsega suuvett. Mõnikord võib suuvee suurte koguste allaneelamine põhjustada tõsisemaid kõrvaltoimeid. Nende hulka kuuluvad iiveldus ja oksendamine, pearinglus, kõhulahtisus ja pearinglus.
Kuigi väikese koguse suuvee kogemata allaneelamist ei peeta üldiselt tõsiseks, võib suuvee tahtlik joomine põhjustada tõsiseid kõrvaltoimeid ja osutuda isegi eluohtlikuks. Suuvee kõrvalmõjudeks võivad olla teadvusekaotus, krambid ja isegi südameseiskus teatud suuvete kõrge alkoholisisalduse tõttu. Need kõrvaltoimed on sarnased nendega, mida kogetakse suurtes kogustes alkohoolsete jookide joomisel.
Üks suuvee kõige murettekitavamaid kõrvalmõjusid on selle potentsiaal suurendada neelu- ja suuvähi riski. See on jällegi tingitud teatud suuvete kõrgest alkoholisisaldusest. Kuigi kindla seose loomiseks võib vaja minna rohkem tõendeid, võib olla mõistlik kasutada alkoholivaba suuvett. Muude suuvee kõrvaltoimete hulka kuuluvad suukudede ärritus ja lõhenemine, mis on ebamugav ja võib tekitada suuinfektsiooni või isegi igemehaiguse.
Suuvee eelised hõlmavad selle võimet vähendada suuõõne baktereid, mis võivad põhjustada igemehaigusi ja hambainfektsioone. Suuvesi võib samuti aidata eemaldada hambakattu ja halba hingeõhku. Inimestel, kes kasutavad fluoriidi sisaldavat suuvett või loputusvedelikku, võib olla väiksem risk hambaaukude tekkeks. Teatud suuveed võivad ka kurguvalu leevendada. Suuveega kuristamine võib aidata leevendada infektsioonist põhjustatud kurguvalu, kuid liiga sage kuristimine alkoholipõhise suuveega võib valulikkust soodustada.
Suuvee kõrvaltoimete ilmnemisel tuleb konsulteerida hambaarstiga. Ta oskab hinnata suuõõne kudede kahjustusi ja arutada suuhügieeni, kasutades alkoholivaba suuveed. Mõned hambaarstid aga ei soovita üldse suuvett kasutada, selle asemel soovitavad head suuhügieeniprogrammi, mis hõlmab hammaste harjamist vähemalt kaks korda päevas ja hambaniidi kasutamist söögikordade vahel.