Sünnieelsel geneetilisel testimisel on mitmeid plusse ja miinuseid. Positiivne on see, et see võimaldab planeerida võimalikke arenguprobleeme, määrata loote elujõulisust ja tuvastada isadust. Negatiivne on see, et sellega kaasneb loote kahjustamise oht ja see võib suurendada raseduse katkemise tõenäosust. Geneetiline testimine ei ole samuti 100% täpne ja võib põhjustada naisele või paarile emotsionaalseid probleeme, kui nad seisavad silmitsi otsusega, kas rasedus katkestada.
Sünnieelne geneetiline testimine võib anda vanematele teavet, mis on vajalik nende tulevase lapse erivajaduste planeerimiseks. See võib kindlaks teha, kas esineb sünnidefekte, nagu huulelõhe või spina bifida, andes seega vanematele aega ravivõimaluste ja võimalike operatsioonide kavandamiseks. Arenguprobleemide, nagu Downi sündroom ja teiste trisoomiate, nagu Edwardi sündroom, puhul annab sünnieelne geneetiline testimine vanematele aega valmistuda sellise seisundiga lapse kasvatamise võimaluseks.
Enamiku raseduste puhul katkeb eluga kokkusobimatu loote raseduse katkemine. Siiski on juhtumeid, kus rasedus jätkub, hoolimata asjaolust, et loode sureb peaaegu kindlasti kohe pärast sündi. Sellistel juhtudel võib sünnieelne geneetiline testimine aidata kindlaks teha, kas raseduse lõpuni kandmine on ohutu või kasulik, kaitstes nii ema tervist ja kaitstes loodet tarbetu valu eest.
Teine sünnieelse geneetilise testimise eelis on isaduse tuvastamine enne lapse sündi. See võib lihtsustada hooldusõiguse ja lapse elatise korraldust. Geneetilist testimist saab teha lootevee uuringuga suhteliselt varajases raseduses. Selle testiga kogutud DNA-d saab võrrelda võimalike isade DNA-ga, et teha kindlaks, kes lapse eest juriidiliselt vastutab.
Võimalik, et sünnieelse geneetilise testimise üks suurimaid miinuseid on emotsionaalne mõju, mida see võib avaldada mõlemale vanemale. Seda tüüpi testid annavad neile sageli valiku, kas rasedust jätkata või mitte. Mõne jaoks võib seda pidada heaks asjaks. See võib aga suurendada emotsionaalse trauma või süütunde tekkimise võimalust kas tähtajaks kandmise või lõpetamise otsustamise osas.
Kuigi geneetiline testimine paraneb igal aastal, on teatud riskid siiski olemas. Kaks kõige levinumat geneetilist testi, krooniline villus ja amniotsentees, suurendavad raseduse katkemise riski ja võivad mõnel juhul kahjustada loodet. Seda tüüpi testimine ei ole samuti alati täpne. Looted, kellel on diagnoositud teatud probleemid, võivad sündida täiesti tervena, kuid need, keda peetakse emakas terveteks, ei pruugi sündida.