Serverite viirusetõrjetarkvara töötab sarnaselt üksikute arvutite viirusetõrjetarkvaraga. Serverite viirusetõrje tüübid hõlmavad reaalajas skannimist, nuhkvara- ja pahavaratõrjepakette ning täielikke failide kontrollimise ja eemaldamise programme. Mõned viirusetõrjeprogrammid töötavad teatud tüüpi serverites, näiteks SQL- ja puhverserverites. Enamik serverite viirusetõrjeprogramme jälgib aktiivselt Interneti-liiklust ja failide edastamist.
Serverite jaoks mõeldud viirusetõrjetarkvara oluline tüüp on reaalajas skannimine. Seda tüüpi tarkvara võib olla tervikliku viirusetõrjepaketi või eraldiseisva rakenduse funktsioon. Reaalajas skannimise tarkvara uurib aktiivselt kõiki faile ja sidet, mis edastatakse Interneti ja sisevõrgu sideportide kaudu. Kui rakendus tuvastab ohu või kahtlase Interneti-protokolli (IP) aadressi, blokeerib see selle või paneb selle karantiini.
Reaalajas skanniva viiruseprogrammi sätteid saab konfigureerida vastavalt organisatsiooni vajadustele. Võrguadministraatorid vastutavad tavaliselt vajalike viirusetõrjeprogrammide kindlaksmääramise eest. Administraator võib kohandada skannimisrakendust, et otsida konkreetseid failitüüpe ja IP-aadresse. Enamik serverisse salvestatud skannimisrakendusi on võimelised uurima kogu liiklust üksikutel seadmetel, mis on ühendatud koht- või laivõrku.
Populaarne ja oluline serverite viirusetõrjetarkvara tüüp on rakendus, mis otsib viirusprogramme kõigist salvestatud failidest. Enamikus nendes tarkvarapakettides sisalduv rakendus uurib rutiinselt juba olemasolevaid faile. Võrguadministraatorid saavad määrata rakenduse käitamiseks konkreetsed kellaajad ja päevad, mis eemaldab ka nakatavad programmid olemasolevatest failidest. Tavaliselt annab programm mingisuguse märguande administraatorile, kellel võib tekkida vajadus viiruse täielikuks eemaldamiseks nakatunud failid kustutada.
Proaktiivsed skannimisrakendused on teist tüüpi serverite viirusetõrjetarkvara. Seda tüüpi rakendused kontrollivad servereid võimalike lünkade suhtes, mis võivad need sissetungidele vastuvõtlikuks muuta. Lisaks võimaliku haavatavuse otsimisele võivad need rakendused pakkuda sobivaid parandusi, mis võivad tugevdada serveri kaitset soovimatute rünnakute vastu.
Serverite viirusetõrjetarkvara võib olla kohandatud vastavalt kasutatava serveri tüübile. Erinevad serveriprogrammid põhjustavad erinevaid ühilduvus- ja turvaprobleeme. Näiteks võib viirusetõrjeprogramm häirida serveri kiirust. SQL-i või struktureeritud päringukeele serverid võivad olla suuremas ohus, kui neid kasutatakse avalikus kohtvõrgus või kui need käsitlevad nii meili- kui ka Interneti-liiklust. Sel põhjusel võivad sobivamad olla viirusetõrjetarkvarapaketid, mis sisaldavad kaitset mitme sissetungi eest.