Pruunidel varbaküüntel, tuntud kui onühhomükoosil, võib olla mitmeid erinevaid põhjuseid. Enamikku neist on üsna lihtne kodus ravida, samas kui mõned nõuavad meditsiinitöötaja abi. Kui varbaküüned muutuvad pruuniks, on selle põhjuseks enamasti seeninfektsioon, jalgade ebapiisav puhastamine, kitsas kingade kandmine, varbaküünte piirkonna trauma või inimese naha pigmentidega seotud loomulik värvus.
Pruunide varbaküünte kõige levinum põhjus on küünte seeninfektsioon. Jalad on sellistele infektsioonidele altid, kuna nad puutuvad korrapäraselt kokku maapinnaga ning asetatakse seejärel sokkide ja jalanõude sisse, mis pakuvad seente kasvuks ideaalset niisket ja kuuma keskkonda. Seennakkused, tuntud ka kui mükootilised infektsioonid, põhjustavad küüne alla musta või pruuni materjali kogunemist, mis võib ebameeldivalt lõhnata või sügelema. Jalad võivad seentega kokku puutuda üldkasutatavates ruumides, nagu jõusaali dušid ja riietusruumid või basseinid. Kui küünealuses või varvas on väikseimgi sisselõige või avaus, võib seene siseneda ja hakata paljunema, mille tulemuseks on pruunid varbaküüned.
Kui jalad ei lase piisavalt kuivada või on halvasti puhastatud, on seennakkuste tõenäosus palju suurem. Jalad peavad olema kuivad ja võimalusel lasta neil hingata. Sageli higistavate sportlaste jaoks on see tavaline probleem ja peamine pruunide varbaküünte põhjus, eriti suure varba puhul.
Kui kingad ei istu korralikult või on liiga tihedalt kinni, võib küüs kannatada korduvate pingete all ja hakata lagunema või alt veritsema. Seda täheldatakse kõige sagedamini jooksjatel ja teistel sportlastel, kes veedavad tunde samas kingapaaris. Kui varbaküüs saab traumat, mis on põhjustatud sellele löögist või sellele kukkumisest, võib küünealuse all olla verevalumid, mille tulemuseks võib olla pruun välimus küüne ülaosas. Kui see nii on, peaksid verevalumid ja sellest tulenev pruun värvus taanduma umbes nädala jooksul ning küüned on katsudes tõenäoliselt õrnad.
Mõnedel elanikkonna liikmetel, eriti tumedama nahaga inimestel, võivad pruunid varbaküüned pigmentatsiooni tõttu loomulikult tekkida. Sageli on värv triibuline ega ole kogu küüne ulatuses ühtlane ning võib tulla ja minna. Ei esine valu, eritist ega lõhna, mis muidu võib viidata infektsioonile. Sellised värvuse kalduvused on normaalsed ega vaja mingit ravi.
Varbaküünte seeni ravitakse tavaliselt seenevastaste ravimite või suukaudsete antibiootikumidega. Looduslikud ravimeetodid, nagu teepuuõli salvid, võivad samuti olla kasulikud infektsiooni varases staadiumis. Seen kipub korduma, mistõttu võib olla vajalik küünte kärpimine või äärmisel juhul koos eemaldamine jalaarsti poolt. Jalade kuivade, puhaste ja ühiste ruumide eest kaitstuna hoidmine on parim viis pruunide varbaküünte vältimiseks.