Pruuni sinepit on kasutatud sajandeid ravimina, mis ravib haigusi alates lihtsatest hambavaludest kuni tõsiste krampideni väikelastel. Viited sinepile kui ravimile tähendavad tavaliselt pruuni sinepit. Sellist ravimit ekstraheeritakse tavaliselt selle lehtedest ja seemnetest. Antiikajal hindasid kreeklased sinepi raviomadusi nii kõrgelt, et pidasid seda kingituseks inimkonnale, mille loojaks oli ravijumal Asciepious.
Kõige sagedamini kasutatakse sinepit ravimina välispidiseks linimendiks, puljongiks või plaastriks. Sinepiõli, ärritades kergelt nahka, stimuleerib vereringet, mis leevendab lihasvalu. Sinepipulbreid peetakse teatud bronhiidi ja pleuriidi juhtude leevendamiseks.
Väikestes kogustes seespidisel manustamisel võib sinepi koostisosi kasutada lahtistina või seedimise parandamiseks. Samuti kipuvad ekstraktid kergetes annustes võetuna kergelt mao põletikku tekitama, põhjustades higistamist. Higistamine on mõnikord abiks palaviku, külmetuse ja gripi ravimisel. Suures koguses allaneelatud seemned võivad esile kutsuda oksendamist. Kui juua teelusikatäis seemneid klaasis vees, tekib tavaliselt oksendamine 10 minuti jooksul. Seetõttu kasutatakse seda ravi mõnikord alkoholi või narkootikumide üleannustamise erakorraliseks raviks.
Indias pruulitakse sinepit lihas- ja luuvalu leevendamiseks ning palaviku ja külmetuse raviks. Hiinlased kasutavad meditsiinilist sinepit ka haavandite, abstsesside ja reuma ja lumbagost põhjustatud valu raviks. Nad peavad lehti eriti kasulikuks põiepõletiku ravimisel.
Sinepi täiendavad meditsiinilised kasutusviisid hõlmavad madude hammustuste ja skorpioni nõelamise korral tekkinud mürgi rünnakut, verevalumite või jäigast kaelast tingitud valu leevendamist ning koolikute ja hingamisteede probleemide leevendamist. Väidetavalt soodustab sinepiseemnete kestadest saadud õli juuste kasvu. Seda on mainitud ka kui agensit, mis aitab ravida sõrmust.
Pruuni sinepit kasutatakse mõnikord ka toidulisandina, et tõsta keha raua, tsingi, kroomi ja seleeni taset. Selle õli kasutatakse sageli massaažiteraapias. Kõik pruuni sinepi kasutusviisid ei ole kasulikud. Pruun sinep sisaldab tugevalt lõhnavat ja ärritavat kemikaali allüülisotiotsüanaati. Seda ühendit on kasutatud sinepigaasi tootmiseks sõja ajal keemiarelvana.
Pruuni sinepi seemned ja lehed sisaldavad mitmeid keerulisi kemikaale. Nende hulka kuuluvad ensüümid, glükosinaadid, väävel, valk ja lima. Nende kemikaalide toime tõttu kasutasid mõned kirurgid enne patsientide opereerimist käte desinfitseerimiseks pruuni sinepipastat.