Portobello seente puhastamine hõlmab mitmeid samme, millest kõik pole vajalikud või mõnikord soovitavad. Varred on väga puitunud tekstuuriga ja kui need ära lõigata, saab need peeneks lõigata ja praadida või külmutada, et neid hiljem köögiviljapuljongis kasutada. Lõpused ei pea alati eemaldama, vaid need saab lusikaga kergesti ära kraapida. Seenekübara ülaosa, mis on tavaliselt pruunikat värvi, saab ettevaatlikult eemaldada, nii et portobello on esitamisel kahvatu ja puhas. Ükski puhastusmeetod pole tegelikult vajalik, välja arvatud lõpuste eemaldamine, kui seen on liiga vanaks jäänud ja lõpused on omandanud ebameeldiva lõhna.
Üks portobello seente puhastamise segadust tekitav valdkond on see, kas neid vees pesta. Kuigi seened imavad väikese koguse vett, ei ole see maitse mõjutamiseks piisavalt märkimisväärne kogus, välja arvatud juhul, kui seeni viilutatakse või leotatakse pikka aega. Peamine põhjus, miks seente vette laskmist vältida, on see, et seente pind saab kahju, mis rikub välimust, kui neid väga kiiresti pärast pesemist ei kasutata. Kui puhastate portobello seeni, mida kasutatakse alles mõne tunni või päeva pärast, on kõige parem kasutada pinnale sattunud mustuse eemaldamiseks niisket lappi.
Portobello seene kübara all olevad lõpused eemaldatakse sageli, kuna nende tõttu muutub toit tumedaks, kuigi lõpused on täiesti söödavad ja võivad toidule maalähedast maitset lisada. Neid saab kergesti eemaldada, hoides seeni tagurpidi ja lusikaotsaga ära kraapides. Kui lõpused on avanenud ja ebameeldiva lõhnaga, siis tuleks need kindlasti eemaldada. Portobello seente lõpustest puhastamisel tuleb olla ettevaatlik, sest lõikelauad või muud toiduained võivad nendega kokkupuutel siiski tumedaks muutuda, kuigi tavaliselt saab selle piisavalt varakult ära pesta.
Samuti saab eemaldada seene kübara ülaosa. Õhukese naha saab eemaldada ribadena, tavaliselt haarates korgi välisservast väikese tüki ja tõmmates seda ülespoole. Töötada võib ka seenepuhastushari või juurviljahari. Peamine põhjus koore eemaldamiseks portobello seente puhastamisel on ühtse esitluse loomine, kui neid kasutatakse salatites või valgetes kastmetes.