Pealtnäha ja paljudes põhirakendustes näivad OpenGL®-i värvide kasutamine väga lihtne. Renderdajas on olukordi ja nüansse, mis võivad mõnikord tähelepanuta jääda, põhjustades stseenis ootamatuid tulemusi. Need võivad olla põhjustatud värvide sügavusest või riistvarasätetest. Muul ajal võivad lihtsad asjad, nagu varjutusrežiim, kahe silma vahele jääda ja renderdamise tulemused on ootamatud. Lõpuks võivad OpenGL®-i värvidel töötavad keerukamad mehhanismid, nagu valgustus ja materjalid, lõpliku väljundi välimust drastiliselt mõjutada.
OpenGL®-i kasutavas programmis tuleb kindel olla, et kõik õiged muutujad on seatud. See tähendab, et enne renderdamist on vaja tagada, et varjutusrežiim oleks tasane või sujuv. Värvide järjekord tuleks samuti määrata eeldatavale väärtusele. Kuigi peaaegu kõik programmid kasutavad punast, rohelist ja sinist (RGB) järjestust, on pildivorminguid ja muid tegureid, mille puhul oleks lihtsam järjekorda muuta ja kasutada sinist, rohelist ja punast (BGR) mudelit.
Üks mõnikord tähelepanuta jäetud ja mõnikord keeruline OpenGL®-värvide element on värvisügavus. Kuigi arendussüsteemide monitori värvisügavuse kasutamiseks võidakse luua arendusjärgus programm, ei pruugi teise kasutaja monitori sügavus olla sama. See tähendab, et kui programm töötatakse välja 24-bitise värvisügavusega ja töötab 16-bitise värvisügavuse või indekseeritud värvimudeliga süsteemis, siis stseeni ei renderdata korralikult ja võib tunduda, et programm ei tööta tööd. Saadaoleva värvisügavuse määramine ja kohandamine võib seda tüüpi frustratsiooni vältida.
OpenGL® värvide kaks valdkonda, millel on lai valik nüansse, mis võivad anda soovimatuid tulemusi, on valgustus- ja materjalisüsteemid. Valgustuse kasutamisel on oluline arvestada valguse vastasmõju objektiga ja valguse potentsiaalset värvi, kui see on määratletud. Vale paigutuse ja seadete korral võib valgusallikas värve välja pesta või muuta nende välimust. Katsetamine võib olla ainus viis õige tasakaalu leidmiseks stseeni atmosfääri säilitamise ja värvide täpse renderdamise vahel.
Materjalide süsteem suudab täielikult muuta OpenGL® värve objekti pinnal. Ümbritseva, hajusa või peegeldava väärtuse liiga kõrgeks seadmine võib põhjustada objektide muutumist täiesti valgeks, samas kui muud sätted võivad muuta objektid mustaks või nähtamatuks. Stseeni valgusallika sätted võivad samuti materjalisüsteemi keerulisemaks muuta. Materjalide kasutamisel saab paljusid probleeme vältida, kui tead täpselt, mida iga atribuut teeb.
Lõpuks võib olla oluline mõista OpenGL® värvides kasutatavat alfakanalit. See on neljas väärtus lisaks värvi RGB väärtustele, mis määrab objekti läbipaistvuse. Paljud programmeerijad on pettunud, kui nad üritavad määrata alfaväärtust, et muuta objekt läbipaistvaks, kuid avastavad palju hiljem, et hajusat atribuudi värvi kasutatakse ainult kogu objekti alfa väärtuse määramiseks. Objektide joonistamise järjekord, sõltumata hilisematest teisendustest, määrab ka alfa väärtuse toimimise. See tähendab, et objektid, mis on läbipaistvad ja seejärel teisendatud hiljem joonistatud objekti ette, ei näita renderdusjärjestuse tõttu objekti taga.