Eduka mittetulundusliku ettevõtte juhtimine nõuab kindlat arusaamist asukoha- ja organisatsioonispetsiifilistest raamatupidamiseeskirjadest. Kohalikele nõuetele vastava mittetulundusliku raamatupidamissüsteemi loomine on üks võimalus neist kinni pidada. Finantstegevuse põhjalik ja eetiline arvestuse pidamine suurendab ka mittetulundusliku raamatupidamisarvestuse täpsust ja seaduslikkust.
Mittetulundusühingud ei pea taotlema maksuvabastust, kuid see võib suurendada organisatsiooni eesmärkide täitmiseks saadaolevaid vahendeid. Vabastusnõuded on piirkonnapõhised ja lisateabe saamiseks tuleks nendega tutvuda. Mittetulundusliku staatuse saamine ei tähenda näiteks USA-s föderaalset maksuvabastust.
Mittetulunduslikud raamatupidamisosakonnad peaksid teadma, et raamatupidamisprotseduurid erinevad geograafilisest asukohast olenevalt. Paljud USA ettevõtted kasutavad üldtunnustatud raamatupidamispõhimõtteid, samas kui paljud rahvusvahelised ettevõtted kasutavad rahvusvahelisi finantsaruandluse standardeid. Ka maksunõuded on piirkonniti erinevad.
Raamatupidamistaustaga inimese töötajate juures hoidmine võib olla abiks raamatupidamissüsteemi loomisel või maksude deklareerimisel, kuid organisatsioonid, kellel seda luksust pole, võivad kaaluda iseõpetuste läbimist või välisabi palkamist. Neile, kes soovivad nõutavad vormid ise täita, pakuvad kohalikud maksuametid sageli vormide ja protseduuride kohta õpetusi. Atesteeritud raamatupidajad võivad anda ka palju teavet poliitikate ja protseduuride kohta.
Edukaks raamatupidamiseks on vajalik hea arvestuse pidamine. Abiks võib olla finantsjuhile juurdepääsetav põhikiri, organisatsioonipoliitika ja maksunõuded. Mõned raamatupidamistarkvaraprogrammid hoiatavad kasutajaid, kui neil puudub teave, kuid ilma tarkvarata töötavate inimeste jaoks võib nõuete kontrollnimekiri hoida töötajad protseduurinõuetest teadlikud.
Konkreetsete maksunõuete tundmine aitab organisatsioonidel luua ka toetavaid raamatupidamissüsteeme. Näiteks peavad USA mittetulundusühingud igal maksuaastal esitama aruande vastava vormiga 990. Nõutav aruanne sisaldab bilansile sarnast finantsseisundi aruannet, kasumiaruandele sarnast tegevusaruannet ja rahavoogude aruannet. 990 nõuab teavet ajakavade, sularahata sissemaksete, maksuvabade võlakirjade ja juhtide palkade kohta. Seetõttu võiks USA-s mittetulundusliku raamatupidamissüsteemi modelleerida nendes konkreetsetes maksudokumentides nõutava teabe põhjal, et lihtsustada esitamismenetlust.
Peamine erinevus kasumi- ja mittetulundusettevõtete raamatupidamisprotseduurides on kulude ja tulude liigitamine. Maksuvaba tulu liigitatakse sageli toetuse tüübi järgi, kuna mittetulunduslik rahastamine võib pärineda erinevatest allikatest. Teatud asukohtades tuleb märgistada ka mittetulunduslikud kulud, et korralduskulud saaksid kogutud tulusid õigesti kasutada.
Finantshaldustarkvara võib abistada ka mittetulunduslikke raamatupidamisosakondi. Mittetulunduslikuks raamatupidamiseks sobivad tarkvarapaketid erinevad veidi tulundusettevõtetes kasutatavast tarkvarast. Näiteks mittetulunduslik raamatupidamistarkvara sisaldab võimalust liigitada kulusid mitme märgistusega ning tulude ja nende nõuete eraldamise võimalust.
SmartAsset.