Parimad märgalade reoveepuhastussüsteemid kaitsevad rahva tervist ja keskkonda, olles samas kulutõhusad ja hõlpsasti kasutatavad. Üks näpunäide reoveepuhastus märgalade projekteerijatele on see, et inimesed peavad olema kannatlikud ja hoolikalt planeerima, sest enamik eksperte soovitab, et märgalade filtreerimise täielikuks toimimiseks võib kuluda umbes aasta. Kui jäätmekäitlusdisainerid loovad märgalasid, mis sobivad kokku eluslooduse ja piirkonna ökoloogiaga, on need tavaliselt tõhusamad. Märgala abil eduka reoveepuhastussüsteemi loomise oluline näpunäide on mõista, mis on märgala ja kuidas see toimib jäätmete eemaldamisel veest.
Kuigi enamik inimesi nõustub, et märgala pole lõplikku määratlust, näitab USA kala- ja looduskaitseteenistus, et üks märgalade tüüp võib olla üleminekumaa kuiva maa ja veesüsteemi vahel. Märgala veetase on tavaliselt maapinnal või sellele väga lähedal. See võib olla looduslik märgala, näiteks magevee- või loodete, või ehitatud või inimese loodud märgala. Märgaladel kasutatakse lisandite filtreerimiseks fütoremediatsiooni, mis on vee või pinnase saastest puhastamise protsess taimede abil.
Üks parimaid näpunäiteid inimestele, kes kaaluvad märgalade reoveepuhastusmeetodi kasutamist, on uurida väljakujunenud edukaid märgalasüsteeme. Eriti kasulik on uurida nõutava süsteemiga võrreldavaid korraldusi. Süsteemi atribuudid määravad mitmed tegurid. Üks oluline tegur on jäätmete ja saasteainete liik, sealhulgas tahked jäätmed, liigsed toitained ja orgaaniline aine.
Teised tegurid on märgala omadused. Mõned aspektid, mida tuleks arvesse võtta, võivad olla pinnas või substraadi aine, taimestik ja kliima. Hüdroloog või veeekspert saab analüüsida märgala suutlikkust ja võimet meie saasteaineid filtreerida.
Teine oluline näpunäide on juhtida märgala taimestikku põhjaliku ja tõhusa filtreerimise saavutamiseks. Taimede juurte ja varte võime setteid mikroobide jaoks kinni püüda mõjutab üldist filtreerimissüsteemi. Mikroobid on olulised, kuna need seedivad kahjulikke toitaineid. Selle keeruka protsessi mõistmine on eduka märgalade reoveepuhastussüsteemi loomise võtmeks.
Oluline on teada, millist tüüpi ehitatud märgalade reoveesüsteem pakub parimat filtreerimist. Neid on kahte tüüpi: taimkattega sukeldatud voodi (VSB) ja vaba veepinna vool (FWS). VSB-l on tärkavaid taimi, mis tavaliselt juurduvad kruusasse, samas kui FWS-il on mitmesuguseid nii juurdunud kui ka ujuvaid taimi. Need on tärkavad veetaimed, mis võivad olla pilliroog või kass; vee all olevad taimed, näiteks vitshein; ja ujuvad taimed nagu pardileht ja vesihüatsint. Süsteemi vorm sõltub väljafiltreeritavate jäätmete tüübist, maa topograafiast ja kliimast.
Kõige kasulikumatel reoveepuhastus märgaladel on suur korrelatsioon jäätmekäitluse tõhususe ja märgala bioloogilise väärtuse vahel. Paljudel edukatel reoveepuhastus märgaladel on avalikud mugavused, nagu metsloomade vaatamise kohad ja loodusrajad. Märgalade reoveepuhastuse kaasamine kogukonda aitab luua süsteemi, mille kogukond aktsepteerib. Seevastu ehitatud märgaladel, mis ei toeta metsloomi, on filtreerimisfunktsioonid tavaliselt madalad.
Viimane näpunäide on palgata professionaal, kellel on kogemused eduka reoveepuhastuse loomisel märgalade meetodil. Sageli ehitavad kogukonnad reoveepuhastussüsteeme, mõistmata täielikult süsteemi keerukust. Ekspert võib anda kogukonnale nõu, milline märgalatüüp on kõige tõhusam. Samuti oskab ta hinnata olukorda ja otsustada, kas märgalade reoveepuhastus on asjakohane. Märgalade reoveepuhastus ei ole alati kõige tõhusam ja kulutõhusam jäätmekäitlusmeetod.