Gluteenivabad muffinid ei sisalda nisu ega muid teravilju, mis sisaldavad gluteeni, teatud tüüpi valku. Kui tavaliselt vastutab gluteeni küpsetiste, sealhulgas muffinite nätskuse ja tekstuuri eest, on gluteenivabu muffineid võimalik valmistada nii asendusjahude ja tärkliste kui ka stabilisaatorite, näiteks ksantaankummi abil. Muffinite valmistamisel peaks pagar võtma meetmeid, et küpsetised ei kuivaks ega kerkiks.
Üks tass (100 grammi) nisujahu ei ole sama, mis üks tass (100 grammi) gluteenivaba jahu. Tavaliselt peab pagar gluteenivabade muffinite jaoks õige tekstuuri saamiseks kasutama mitme erineva gluteenivaba jahu kombinatsiooni, näiteks mandlijahu, kikerhernejahu või riisijahu. Tavaliselt peab ta taigna paksendamiseks lisama tärklist, näiteks tapiokitärklist või maisitärklist. Mõnele pagarile meeldib muffiniretseptides kasutada stabilisaatoreid, näiteks ksantaankummi, et lisada nätske tekstuuri.
Gluteenivaba pagar peaks muffinipartii jahud hoolikalt valima. Oajahud, näiteks kikerherned, võivad küpsetistele lisada oa maitset, mis ei pruugi olla soovitav. Mõned oajahud, näiteks sojaoad, segunevad siiski hästi. Teised jahud, näiteks pruun riis, võivad olla krobelised ja sõmerad. Teatud jahude (nt kartuli- ja mandlijahu) kombineerimine võib tekitada pagari soovitud maitse.
Teine võimalus gluteenivabade muffinite jaoks on kasutada valmistatud gluteenivaba küpsetussegu. Tavaliselt on segud segud jahudest, millele on lisatud tärklist ja mis tahes stabilisaatoreid. Mõned segud ei pruugi sobida, kui inimene on piima- või pähklikomponentide suhtes allergiline või on vegan. Oluline on alati lugeda gluteenivabade segude etikette, et veenduda, et see sisaldab muid probleemseid koostisosi.
Gluteenivabad muffinid võivad osutuda kuivaks ja muredaks, eriti kui pagar otsustab ksantaankummist loobuda. Üks võimalus tagada, et muffinid oleksid pehmed ja niisked, on lisada taignale mõni vedel koostisosa, näiteks puuviljapüree või õunakaste. Kui inimene saab süüa piimatooteid, ei lase muffinid liigselt ära kuivada ka hapukoor või jogurt. Vegan, gluteenivabad muffinid võivad sisaldada sojajogurtit või muud piimavaba jogurtit või koort.
Toasoojatest koostisosadest valmistatud muffinitainas võib paremini kerkida, võimaldades küpsetajal vältida lamedaid muffineid. Toasoojad koostisosad ei pea ahjus nii palju soojenema ja neil on rohkem kevadet. Lase taignal enne küpsetamist umbes 10 minutit puhata, et see kerkiks paremini.