Papagoid on paljude värvide, triipude ja mutatsioonidega linnud. Seda tüüpi lindudel on alati põhivärv, mida nähakse kollase või valge pigmentatsiooniga. Põhivärv on näha kontuurisulgede ja triipude all, samas kui põhivärv võib varieeruda. Mõned levinumad papagoi põhivärvid on kollane, roheline ja sinine. Violetseid, valgeid ja halle papagoisid ei toodeta nii tavaliselt.
On tavaline, et linnukasvatajad püüavad papagoidel ja papagoidel saavutada ebatavalisi värvimustreid. Seda seetõttu, et paljud perspektiivsed papagoide omanikud nõuavad ebatavalisi värve, mustreid ja mutatsioone ning need haruldused nõuavad sageli kõrgemat hinda. Vangistuses kasvatamisel on sageli saadaval lai valik papagoi värve. Mõned lindude eksperdid usuvad, et ristamine, mille eesmärk on saavutada spetsiifilisi mutatsioone, võib põhjustada geneetilisi vigu, põhjustades lindude haigusi või defekte. Teatud värvimutatsioonidega loomad on aga osutunud sama vastupidavateks ja pikaealisteks kui looduses leiduvad looduslike värvidega linnud.
Looduses on papagoi värvid põhimõtteliselt tumerohelised. Metsiku papagoi sulestik aitab tal maskeerida Austraalia loodusliku elupaiga ohtude eest. Kiskjatel, nagu maod ja suuremad linnuliigid, on puude ja põldude keskel raske märgata looduslikke tumerohelisi papagoi värve.
Kõige levinumad papagoivärvid on roheline ja sinine. Eksootiliste lindude kasvatajad leiavad, et papagoide paaritumisel värvi saamiseks on sinine värv kõige hõlpsamini saavutatav. Sinised papagoid võivad olla erinevates toonides, näiteks helesinine või tumesinine.
Tumesinise papagoi paaritamisel tumekollase sordiga võivad tulemused erineda. Papagoi järglased võivad olla rohelised, kollased, sinised või isegi lillad. Lilla või violetse mutatsiooni ebatavalist välimust peetakse atraktiivseks ja soovitavaks.
Vangistuses kasvatatud papagoide müügil ei ole haruldane leida mitmevärvilisi variatsioone. Neid ebatavalisi mustreid soovivad väga paljud linnuomanikud. Mõned näited on helesinised valgete laikudega papagoid või roheliste laikudega valged papagoid.
Papagoi sugu on küpsuseni jõudes lihtne kindlaks teha. Isast papagoi emasloomast saab eristada pelgalt linnu tsereeli värvi märgates. Isasel papagoil on tsere ehk ninasõõrmeid ümbritsev lihakas nahk tumesinine, emasel aga tumepruun või pruun.