Omeprasooli kõrvaltoimed ulatuvad kergetest ja tavalistest terviseprobleemidest tõsisemateni. Mõnel juhul võivad need kõrvaltoimed mõjutada teisi olemasolevaid haigusi. Väiksemate kaebuste hulka kuuluvad iiveldus ja kõhuvalu, millega kaasnevad sellised sümptomid nagu suuturse ja hingamisraskused, mis viitavad raskematele reaktsioonidele ravimile. Omeprasooli kasutatakse tavaliselt krooniliste kõrvetiste ja happe reflukshaiguste raviks. Nagu igat tüüpi retseptiravimite puhul, soovitab meditsiiniringkond patsientidel tungivalt teatada ravimi võtmisega kaasnevatest väiksematest või tõsistest tüsistustest, mis osutuvad pikaajaliseks või häirivaks.
Omeprasooli kõige levinumate kõrvaltoimete hulgas on tüüpilised iiveldus ja kõhuvalu. Esineda võivad ka muud tüüpi maoärritused, eriti oksendamine ja kerged krambid. Mõnede inimeste jaoks, kes on hiljuti seda tüüpi ravi alustanud, võivad probleemiks saada ka ebatavalised gaasisümptomid. Mõned patsiendid, kellele seda happe refluksravimit määrati, teatavad väikestest probleemidest, mis on seotud sageli esinevate peavaludega. Enamik meditsiinitöötajaid ei pea neid sümptomeid eriti ohtlikeks, kuigi patsiendil on soovitatav pöörduda oma arsti poole, kui ärritavad sümptomid ei taandu sobiva aja jooksul.
Kuigi patsiendid on teatanud ka omeprasooli ebatavalistest, mõõdukatest kõrvaltoimetest. Mõnedel inimestel on omeprasooli kasutamisel tekkinud reaktsioone, mis jäljendavad täpselt tavaliste allergiahoogude sümptomeid, nagu nahalööve, nõgestõbi ja pigistustunne rinnus. Need patsiendid võivad märgata ka hingamisraskust ja suu, sealhulgas keele ja huulte turset. Muud kõrvaltoimete ilmingud on gripilaadsed sümptomid, nagu palavik, külmavärinad ja kurguvalu. Patsiendid, kes kogevad neid kõrvaltoimeid, peaksid võimalikult kiiresti helistama ravimi väljakirjutanud arstile, et saada juhiseid, kas jätkata ravi või mitte.
Väga harvadel juhtudel on teatatud omeprasooli uskumatult tõsistest kõrvaltoimetest, sealhulgas tugev luuvalu, krambid ning seletamatud ja ebatavalised verevalumid ja verejooks. Mõnedel patsientidel on omeprasooli võtmise ajal esinenud ka punetust ja villide teket, tõsiseid nägemishäireid ja äärmist väsimust. Magu võivad mõjutada ka valulikud ja kroonilised krambid ning kõhulahtisus. Täiendavad tõsised reaktsioonid on ebanormaalselt tume uriin, käte ja jalgade turse, samuti järsk kaalutõus. Need ravimiallergilised reaktsioonid viitavad neeru- ja maksaprobleemide võimalusele ning patsient peab nende sümptomite ilmnemisel teavitama oma arsti ja pöörduma viivitamatult arsti poole.