Nahkhiired on kasulikud loomad, kuid nad võivad koju kolides suuri probleeme tekitada. Haigus kujutab endast suurt nahkhiirte nakatumise ohtu, sealhulgas nende jäätmete sissehingamisel tekkiv histoplasmoos, mida nimetatakse guaaniks, ja marutaudi oht nakatunud nahkhiirte käsitsemisel. Nahkhiirte eemaldamise ja puhastamisega peaks tegelema asjatundja. Majaomanikud saavad vältida nahkhiirte esialgset koloniseerimist või tulevasi nakatumisi.
Vähem kui üks protsent nahkhiirte populatsioonist kannab marutaudiviirust. Vältida tuleks igasugust kokkupuudet nahkhiirtega, sest marutõmbunud nahkhiired ei käitu alati ebatavaliselt. Histoplasmoos on kopsuhaigus, mille põhjustab nahkhiirte või lindude väljaheites esineva seene hingamine. Nahkhiire guaano ja uriin võivad põhjustada ka kodu struktuurikahjustusi. Siseruumides leitud nahkhiir tähendab tõenäoliselt nahkhiirte eemaldamist.
Majaomanikel, kes leiavad majast nahkhiire, soovitatakse tungivalt seda paljaste kätega mitte puudutada. Rasked nahkkindad kaitsevad hammustuste eest. Selle püüdmiseks võib kurika kohale visata õrnalt võrgu või rätiku. Kui see on kardinal või muul vertikaalsel pinnal, saab nahkhiire kohale asetada kasti või ja selle alla libistada tasase plaadi või papitüki. Kohalik tervishoiuosakond või loomakontroll võib aidata nahkhiirt marutaudi testimiseks saata.
Kuna paljud nahkhiireliigid on kaitse all, on hävitamine paljudes piirkondades ebaseaduslik. Nahkhiirte eemaldamine on kõige parem väljajätmise teel ja seda tuleks vältida maist augustini, kui tõenäoliselt esineb lendamisvõimetuid nahkhiire. Esmalt vaatab ekspert konstruktsiooni põhjalikult üle, et näha, kus nahkhiired sisenevad ja kust väljuvad. Nahkhiired võivad läbi suruda kuni 1/2 tolli (1.27 cm) avadest, seega peab ülevaatus hõlmama kõiki hoone püstakuid, tuulutusavasid ja üleulatuvaid osi.
Kui juurdepääsetavad avad on tuvastatud, saab paigaldada plastikust või võrgust valmistatud ühesuunalised klapiseadmed, mis võimaldavad nahkhiirtel väljuda, kuid mitte uuesti siseneda. Kui nahkhiire eemaldamine on lõppenud, saab seadmed eemaldada ja avad tihendada. Seejärel võib alata guaano parandamine ja nahkhiirte tekitatud kahjustuste parandamine. Kindlustus võib katta puhastamise ja väljajätmise protsessi, kuna loomad ei ole närilised.
Konstruktsiooni regulaarne hooldus, et tuvastada väikesed augud ja praod, kuhu nahkhiired võivad siseneda, aitab vältida nende tagasipöördumist. Tuulutusavasid saab blokeerida traatvõrguga ja kõik praod tuleb tihendada. Kui nahkhiirte eemaldamine õnnestub, saab õue paigaldada nahkhiiremaja, kui majaomanikud soovivad loomi nende putukatõrjevõime huvides ümber hoida.