Enamikul juhtudel on musta kõhulahtisuse põhjuseks seedetrakti verejooks. Veri ilmub väljaheites erinevalt, sõltuvalt seedetrakti kohast, kust verejooks pärineb. Sel juhul tekib verejooks tavaliselt maos või söögitorus ning see muutub mustaks, kui see läbib organismi seedemahlu. Nende piirkondade verejooksu võivad põhjustada haavandid, gastriit ja liigne oksendamine. Must lagrits, rauapreparaadid ja teatud toidud võivad samuti põhjustada musta kõhulahtisust, nagu ka ravimite, näiteks vismutit sisaldavate ravimite liig.
Ülemise soolestiku verejooksust põhjustatud musta kõhulahtisuse tehniline termin on melaena. Kui veri läbib seedesüsteemi ja puutub kokku seedemahlaga, muutub raua sisaldus veres, mis toob kaasa musta värvi. Kui kõige levinumad verejooksud on söögitorust ja maost ning arstid vaatavad tavaliselt kõigepealt sinna, võib verejooks alata ka madalamalt sooletraktist, näiteks peensoolest või käärsoolest.
Haavandid on määratletud kui haavandid, mis tekivad nahal ja takistavad selle organi funktsioneerimist. Mao- ehk peptilised haavandid on haavandid, mis tekivad kõikjal seedesüsteemi limaskestal ja võivad seedetrakti happelise keskkonna tõttu olla äärmiselt valulikud. Kuigi enamik maohaavandeid on põhjustatud Helicobacter pylori bakteri kroonilisest infektsioonist, võib neid põhjustada ka liigne alkoholitarbimine või mittesteroidsete põletikuvastaste ravimite (MSPVA-de) pikaajaline kasutamine. Nendel juhtudel viitab must kõhulahtisus sageli veritsema hakanud maohaavandile.
Gastriit sarnaneb maohaavandiga, kuid on üldisemalt määratletud kui seedetrakti limaskesta põletik. Paljud maohaavandeid põhjustavad asjaolud võivad samuti põhjustada gastriiti, eriti alkohol ja mittesteroidsed põletikuvastased ravimid, kuid gastriit võib avalduda ka stressi, teatud autoimmuunhäirete või operatsiooni tõttu. Eelkõige võib krooniline gastriit kaasneda Crohni tõve, maksatüsistuste või neerupuudulikkusega. Pikaajaline või tõsine mao limaskesta põletik võib lõpuks põhjustada verejooksu ja sellest tulenevalt musta kõhulahtisust.
Liigne oksendamine või köha, mida tuntakse konkreetselt Mallory-Weissi sündroomina, võib põhjustada rebenemist seedetrakti ülaosas, eriti mao ja söögitoru vahelises ühenduskohas. Mallory-Weissi sündroomi korral esinev tõsine äge oksendamine on kõige sagedamini seotud söömishäirete ja alkoholismi puhastamisega, kuid kõik ägeda oksendamisega seotud asjaolud võivad selle seisundi põhjustada. Tavaliselt avastavad patsiendid söögitoru rebendi köhides või verd oksendades, kuid must kõhulahtisus on ka märk verejooksust, mis on lihtsalt liikunud vastupidises suunas.
Teatud toidud võivad põhjustada ka healoomulist värvimuutust väljaheites, näiteks musta lagritsa liigne tarbimine või kõrge loomavere kontsentratsiooniga toiduained. Raualisandid võivad ka väljaheite mustaks või mõnikord rohekaks muutuda. Vismuti subsalitsülaat, seedehäirete raviks kõige sagedamini kasutatav kemikaal, võib samuti põhjustada kahjutu musta väljaheite värvi muutumist, kuna see reageerib seedetraktis leiduva väävliga. Sellistel juhtudel muudab ravim või toit väljaheited loomulikult mustaks; Kõhulahtisus ei sõltu tõenäoliselt sellest värvimuutusest ja on põhjustatud muust tegurist.