Mikrodermabrasiooni kõige sagedasemad kõrvalnähud võivad olla kerge nahaärritus, akne sagenemine ja mõningane nahavärvi muutus. Tundliku nahaga inimesed on tavaliselt mikrodermabrasiooni kõrvalmõjude suhtes kalduvamad kui inimesed, kellel pole tundlikku nahka. Naha värvimuutuse kõrvalmõju näib olevat rohkem väljendunud inimestel, kellel on loomulikult tumedam nahk. Inimestel, kellel on akne sümptomite ja akne armide leevendamiseks mikrodermabrasioon, võib mõne nädala jooksul pärast protseduuri esineda tavapärasest rohkem lööbeid. Enamik mikrodermabrasiooni kõrvaltoimeid on ajutised ja taanduvad iseenesest, kui nahk on jõudnud paraneda.
Tõenäoliselt on väga vähe inimesi, kes pärast mikrodermabrasiooni tegemist ei koge nahaärritust. Mikrodermabrasiooni tegemisel eemaldatakse kogu naha pealmine kiht. See põhjustab tavaliselt nahaärritust, mida paljud inimesed peavad sarnaseks päikesepõletusega. Naha punetus, sügelus ja ketendumine või koorumine on mikrodermabrasiooni kõrvalnähud, millest sageli teatavad inimesed, kes on just protseduuri läbinud. Kui nahal on olnud võimalus paraneda, kaovad need kõrvaltoimed tavaliselt.
Paljud inimesed on akne leevendamiseks teinud mikrodermabrasiooni. Sel põhjusel võib nende inimeste jaoks olla üllatus, kui akne kipub süvenema just pärast mikrodermabrasiooniprotseduuri. Kuigi mikrodermabrasioon võib sageli oluliselt aidata nii aknet kui ka akne armistumist, kipub akne nahatrauma tõttu süvenema kohe pärast protseduuri ja kuna mikrodermabrasioon aitab poore lahti ummistada. Kui poorid muutuvad mikrodermabrasioonist lahti, vabanevad pooridest tavaliselt bakterid ja need bakterid võivad jääda naha pinnale, suurendades ajutiselt aknelaikude tekke tõenäosust. Enamik inimesi märgib, et see mikrodermabrasiooni kõrvalmõju kaob mõne nädala jooksul pärast protseduuri lõppu.
Naha värvimuutus võib olla mikrodermabrasiooni kõigist kõrvalmõjudest kõige problemaatilisem. Heledama nahaga inimesed seda probleemi tavaliselt ei koge, kuid tumedama nahaga inimesed seda sageli kogevad. Pärast mikrodermabrasiooni võib tumeda nahaga inimene märgata, et tal on heledaid laike seal, kus neid varem polnud. See värvimuutus ei ole sageli püsiv, kuid võib püsida üsna kaua, enne kui nahatoon normaliseerub. Paljud inimesed saavad selle kõrvalmõjuga toime tulla, kasutades oma nahal jumestuskreemi, et anda sellele kogu ulatuses ühtlasem värv.