Mõned kõige sagedamini teatatud metüülkobalamiini kõrvaltoimed on sügelus, lööve või kõhulahtisus. Selle toidulisandi võtmisel võib tekkida ka peavalu, palavik või oksendamine. Enamik metüülkobalamiini kõrvaltoimeid on kerged, kuigi kui sümptomid püsivad või muutuvad eriti häirivaks, tuleb konsulteerida arstiga. Kõrvaltoimed, mis nõuavad viivitamatut arstiabi, on valu alaseljas või küljel, hingamisraskused või näo turse. Kõiki individuaalseid küsimusi või muresid metüülkobalamiini võimalike kõrvaltoimete kohta tuleb arutada arsti või muu meditsiinitöötajaga.
Metüülkobalamiini, mida sagedamini nimetatakse vitamiiniks B-12, leidub looduslikult sellistes toiduainetes nagu liha, piimatooted ja mereannid. Seda vitamiini võib võtta ka toidulisandina ja see on enamiku inimeste jaoks ohutu seni, kuni soovitatavat päevakogust ei ületata. Mõnel juhul võivad inimesel tekkida metüülkobalamiini kõrvaltoimed. Enamik neist kõrvaltoimetest on kerged, kuid soovitatav on arstlik hindamine, kuna mõned võimalikud kõrvaltoimed võivad lõppeda surmaga.
Kõhupuhitus, oksendamine või kõhulahtisus on tavalised metüülkobalamiini kõrvaltoimed. Kuigi need sümptomid võivad ilmneda tavaliste annuste kasutamisel, on need tavalisemad, kui on tarbitud liiga palju vitamiini B-12. Peavalud või madal palavik võivad samuti olla metüülkobalamiini võtmise kõrvalnähud. Lööve, mis võib sügelema või mitte, on veel üks potentsiaalne kõrvalmõju, kuigi see on tavalisem ilutoodete, näiteks vitamiini B-12 sisaldavate kreemide kasutamisel kui suukaudse toidulisandiga.
Anafülaksia on meditsiiniline termin, mida kasutatakse raske ja potentsiaalselt eluohtliku allergilise reaktsiooni kirjeldamiseks ning see on üks võimalikest metüülkobalamiini kõrvaltoimetest. Kuigi lööve on selle vitamiini sagedane kõrvalnäht, tuleks nõgestõve tekkimist või lööbega kaasneda muid sümptomeid käsitleda hädaolukorrana. Võib esineda pigistustunne või ebamugavustunne rinnus koos näo, huulte või kõri tursega. Hingamine võib muutuda raskeks ja patsient võib sattuda segadusse või kaotada teadvuse.
On oluline, et kõik, kellele on planeeritud meditsiiniline protseduur, näiteks angioplastika, annaksid arstile teada, kas metüülkobalamiini võetakse. Tõenäoliselt soovitab arst patsiendil selle toidulisandi võtmise lõpetada potentsiaalselt eluohtlike kõrvaltoimete tõttu. Metüülkobalamiin sisaldub operatsiooni ajal kasutatavates intravenoossetes vedelikes ja B-12-vitamiini lisandi võtmisel võib tekkida üleannustamine. Seda ravimit ei pruugi pärast operatsiooni olla võimalik võtta veresoonte ahenemise ohu tõttu.