Kõige tavalisem menstruatsiooni ärajäämise põhjus on rasedus, kuid võimalikke põhjuseid on palju. Sünnituskontrolli meetodid, rinnaga toitmine ja emotsionaalne stress on samuti mõned võimalikud põhjused, miks menstruatsioonid puuduvad. Rasedus on kõige tavalisem, kui naine on seksuaalselt aktiivne ja see peaks ilmselt olema esimene asi, mida välistada, kuid varajane rasedus ei pruugi põhilistel rasedustestidel registreerida. Tervishoiutöötaja poole pöördumine on üldiselt soovitatav, kui naisel esineb menstruaaltsükli seletamatu katkestus.
Kui menstruatsioon jääb ära ja naine on olnud seksuaalselt aktiivne, on rasedus tavaliselt esimene ja sageli õige eeldus. Kaasaegsed rasedustestid on tavaliselt äärmiselt täpsed, kui juhiseid õigesti järgitakse, ja tuvastada rasedus juba viis päeva enne menstruatsiooni ärajäämist. Varajane avastamine ei pruugi aga olla nii täpne kui pärast menstruatsiooni ärajäämist tehtud rasedustestid.
Sünnituskontrolli meetodid võivad põhjustada menstruatsiooni ärajäämist mitmel põhjusel. Rasestumisvastaste meetodite vahetamine võib mõnikord põhjustada menstruatsiooni ärajäämist, kuna keha kohaneb uue reguleeritud tsükli vormiga. Teised rasestumisvastased vahendid või meetodid teatud tüüpi rasestumisvastaste vahendite kasutamiseks võivad menstruatsiooni sihipäraselt maha suruda või põhjustada nende toimumist palju ebaregulaarsemalt kui ilma regulatsioonita.
Imetamine võib takistada menstruatsiooni taastumist kuni rinnaga toitmise lõpetamiseni. Mõned naised teatavad, et neil tekkis regulaarne menstruatsioon alles pärast lapse viimistlemist, kuid paljudel naistel algab menstruatsioon nädalate või kuude jooksul pärast lapse sündi. See on normaalne, kuid tähendab ka seda, et naine võib uuesti rasestuda. Kui rasestumisvastase meetodina kasutati rinnaga toitmisest tingitud viljakuse puudumist, peab naine kasutama muid raseduse vältimiseks meetodeid.
Paljud emotsionaalse, vaimse ja füüsilise stressi põhjused võivad põhjustada menstruatsiooni ärajäämise. Kui keha on suure stressi all, arvatakse, et see võib normaalset funktsioneerimist häirida nii, et menstruatsioonid võivad katkeda. Stressi hulk, mis kulub selle tavapärase funktsioneerimise kaotuse tekitamiseks, võib inimestel oluliselt erineda ja pidev stressitase võib põhjustada perioodide puudumist pikema aja jooksul. Mõned levinumad näited stressi tüüpidest, mis võivad põhjustada perioodi ärajäämise, on tööga seotud nõudlik periood, suhteprobleemist põhjustatud tõsine emotsionaalne pinge või kellegi lähedase surm.