Menstruaaltsükli häired võivad hõlmata premenstruaalset sündroomi, menstruaalkrampe, raskeid menstruatsioone või menstruatsiooni täielikku puudumist. Menstruaaltsükli häireid peetakse tavaliseks ja arvatakse, et peaaegu kõik naised kannatavad mingil eluperioodil mõne menstruaaltsükli häire all. Kuid mitte kõik menstruaaltsükli häired pole tõsised.
Menstruatsiooniga kaasnevad valulikud emakakrambid, haigusseisund, mida nimetatakse düsmenorröaks, võivad olla üks levinumaid menstruaaltsükli häireid. Menstruatsiooni ajal hakkab emakas eritama prostaglandiine, hormoone, mis vastutavad emaka kokkutõmbumise eest. Need kokkutõmbed aitavad emakal oma limaskesta eraldada. Paljud naised kogevad düsmenorröa, sageli alates nende esimesest menstruatsioonist. Düsmenorröad ei peeta tõsiseks ja see kaob tavaliselt pärast menstruatsiooni või menstruatsiooni ajal.
Premenstruaalne sündroom ehk PMS on veel üks menstruaaltsükli häire, mis arvatakse olevat üsna tavaline. Arvatakse, et 75 protsenti naistest kogevad regulaarselt vähemalt kergeid PMS-i sümptomeid. See häire võib põhjustada füüsilisi ja emotsionaalseid sümptomeid, mis võivad olla seotud hormonaalsete muutustega kehas.
Sümptomid algavad tavaliselt umbes nädal enne menstruatsiooni ja võivad süveneda kuni menstruatsiooni alguseni, mil need tavaliselt kaovad. Füüsilised sümptomid võivad hõlmata rindade hellust, kõhukinnisust, väsimust, puhitus ja peavalu. Emotsionaalseteks sümptomiteks võivad olla ärrituvus, depressioon, meeleolu kõikumine ja keskendumisraskused.
Amenorröa, menstruatsiooni täielik puudumine, jaguneb tavaliselt kahte tüüpi: esmane ja sekundaarne. Primaarne amenorröa diagnoositakse sageli tüdrukutel, kes on saanud 16-aastaseks, ilma et neil oleks olnud esimene menstruatsioon ehk menarhe. Selle põhjuseks võivad olla endokriinsed probleemid, söömishäired või reproduktiivsüsteemi häired. Sekundaarne amenorröa tekib tavaliselt siis, kui naisel, kellel on tavaliselt menstruatsioon, puudub menstruatsioon kolm kuni kuus kuud. Kuigi liigne treening, stress, haigused ja reproduktiivhäired võivad kaasa aidata amenorröa tekkele, arvatakse, et kõige levinum põhjus on rasedus.
Menorraagia või raske menstruatsioon on tavaliselt defineeritud kui menstruatsiooniperiood, mis kestab kauem kui seitse päeva või mis toodab ebatavaliselt suures koguses menstruaalverd. Menorraagiaga naised leiavad mõnikord menstruaalveres trombe. Kui tavaline naine võib keskmise menstruatsiooniperioodi jooksul veritseda umbes kolmandiku tassist (78.07 milliliitrit), siis menorraagiaga naine võib iga menstruatsiooniga väljutada 3.3 tassi (78 liitrit) kuni 8.3 tassi (1.95 liitrit) menstruaalverd. Menorraagia põhjused võivad hõlmata emaka kasvu või kasvajaid, spiraali kasutamist, teatud tüüpi vähktõbe ja hormonaalseid probleeme.
Premenstruaalne düsfooriline häire ehk PMDD on menstruatsiooniga seotud meeleoluhäire, mida arvatakse mõjutavat kolm kuni kaheksa protsenti naistest. Sümptomiteks võivad olla tugevad meeleolumuutused, ärevus ja ärrituvus. Võib esineda ka teisi füüsilisi ja emotsionaalseid sümptomeid, mis on sarnased PMS-iga, kuid üldiselt palju raskemad. Need sümptomid ilmnevad tavaliselt umbes nädal enne menstruatsiooni ja on tavaliselt taandunud kolmandaks päevaks pärast menstruatsiooni algust.