Meditsiinijäätmete äravedu nõuab meditsiini- ja biomeditsiinijäätmete väga ohtlikkuse tõttu erilist hoolt. Seda tüüpi jäätmed võivad sisaldada ohtlikke vedelikke, tahkeid aineid, kemikaale ja teravaid esemeid. Meditsiinijäätmed võivad ebaõige kõrvaldamise korral põhjustada tõsiseid tervise- ja keskkonnariske. Bioloogiliselt ohtlike materjalide eemaldamiseks ja hävitamiseks on mitu õiget ja suhteliselt ohutut meetodit, sealhulgas eraldamine värviga kooskõlastatud, märgistatud ja suletud mahutitesse; auruga steriliseerimine; põletamine; ja purustamine.
Meditsiinijäätmed tekivad eelkõige kohtadest, kus ravitakse ja diagnoositakse haigusi või kus käideldakse surnud inimesi ja loomi. Tüüpilised kohad, kus meditsiinilisi jäätmeid regulaarselt ära tuleb viia, on haiglad, haiglaraviasutused, surnukuurid, laborid ja veterinaarasutused. Käitis tugineb sageli meditsiinijäätmete kõrvaldamisel ja käitlemisel välistele töövõtjatele, selle asemel, et püüda nende eest ise hoolitseda.
Enamik meditsiinijäätmete eemaldamise meetodeid peab algama rajatistes, kus neid toodetakse. Erinevat tüüpi ohtlike materjalide esialgseks isoleerimiseks on tavaliselt kehtestatud ranged protseduurid, mis hõlmavad peamiselt nende eraldamist muudest jäätmeliikidest. Näiteks nõelad ja muud teravad esemed tuleb koguda spetsiaalselt märgistatud ja värvitud konteineritesse; sama kehtib ka muude bioloogiliste ohtude kohta, nagu rümbad, kemikaalid, toksiinid ja viirussaaste. See mitte ainult ei aita esemeid ära visata, vaid hoiab ära ka erinevate bioloogiliste ohtude vormide ristsaastumise.
Korduvkasutatavate meditsiiniseadmete puhastamine ja steriliseerimine on veel üks meditsiinijäätmete eemaldamise viis. Need on populaarsed meetodid ja võimaldavad kalleid seadmeid ohutult edasi kasutada. Puhastusmeetodid hõlmavad steriliseerimist mikrolaineahjus, auruga ja keemilist puhastamist. Näiteks inimverd võib pärast auruga steriliseerimist tavaliselt valada tavalisse kanalisatsiooni.
Pärast kogumist on sageli vaja meditsiinijäätmed hävitada, et need ei saaks tagasi keskkonda sattuda. Põletamine on populaarne meetod meditsiinijäätmete hävitamiseks, kus need viiakse ülikõrgetele temperatuuridele ja detoksifitseeritakse. See kehtib siiski ainult teatud tüüpi meditsiinijäätmete kohta; teatud tüüpide põletamisel võib õhku sattuda muid ohtlikke materjale, näiteks elavhõbedat või dioksiini. Samamoodi saab teravaid esemeid sulatada või purustada, et vähendada ohtlikumate olukordade ja keskkonnaõnnetuste võimalust.
Paljudes riikides reguleerib ohtlike jäätmete äravedu oma kodanike üldise ohutuse ja heaolu huvides valitsus. Näiteks USA-s kehtestab Environmental Protection Agency (EPA) eeskirjad ja juhised ohtlike jäätmete ohutuks eemaldamiseks, transportimiseks ja hävitamiseks. Ühendkuningriigis annab selliseid juhiseid Keskkonnaagentuur.