Märgalade taimestik koosneb rohudest, taimedest, põõsastest ja puudest, mis kasvavad suurema osa aastast küllastunud pinnases või vees endas. Neid taimi nimetatakse hüdrofüütideks, mis tähendab, et nad armastavad vett. Nii vees kui ka maismaal elavad liigid võivad kohaneda märgalade tingimustega nii rannikul kui ka sisemaal. Neli märgalade elupaikade rühma on rannajoon, tärkavad, ujuvad ja veealused.
Kaldaäärsed taimed kasvavad tiikide, järvede, ojade, soode ja rabade servades. Nad võivad kasvada veepinnal või juurduda madalikule. Nendes piirkondades õitsevad sellised taimed nagu purpurpunased taimed, muutudes sageli invasiivseteks. Sellises märgala kliimas kasvavad nii mädarõika, nööpnööbipuu, ojakress kui ka turbasammal. Nendel aladel võib leida ka suuri märgalapuid, nagu mangroovid, soolaseeder ja peaaegu igat tüüpi männid.
Tekkiv märgala taimestik on juurdunud pinnasesse, mis on suurema osa ajast vee all. Need taimed kasvavad vees ja ulatuvad ülevalt õhku. Noolepeataimed kasvavad selles märgala kliimas sageli tihedate rühmadena. Teiste tärkavate taimede hulka kuuluvad vesipaju, põõsad ja kassisabad. Enamik selle kategooria taimi õitseb tavaliselt seal, kus vee sügavus on alla 5 m.
Ujuvtaimed kasvavad vees juurtega, mis ulatuvad üsna sügavale läbi vee põhja. Ainult väike osa neist taimedest, tavaliselt lilled, kasvab veepinnast kõrgemal. Sellesse kategooriasse kuuluvad pardlill, tiigi-vesiroosid ja vesihüatsint.
Sukeldunud taimed õitsevad täielikult vee all, kuigi veepinnast võib läbi murda üks või kaks lehte. Enamik neist taimedest õitseb isegi vee all. Vesikress ja vesipiil on kahte tüüpi märgalade taimestik, mis eksisteerib vee all. Need märgalade istutused võivad tegelikult moodustada vee põhjas niidutaolisi alasid.
Kõik need märgalade taimed kasvavad hüdraalses märgala pinnases. Seda tüüpi pinnas on loodud veega küllastunud tingimustes, kus hapnikku on väga vähe või üldse mitte. Sellel võib olla mädanenud taimse aine pealmine kiht, mis laguneb väga aeglaselt.
Peaaegu kõik need taimed on märgalade eluslooduse jaoks väärtuslikud toiduallikad. Loomad, nagu veelinnud, kilpkonnad, ondatrad ja kalad, toituvad nii taimedest kui ka nende seemnetest. Märgalade taimestik loob elupaiku nii neile loomadele kui ka teistele lindudele, tigudele ja putukatele. Need pakuvad neile ja paljudele teistele olenditele ohutut sigimis- ja pesitsuspaika.
Märgalade taimestik teenib palju kasulikke eesmärke. See mitte ainult ei ima vett, mis muidu põhjustaks üleujutusi, vaid aeglustab ka voolu. Samuti aitab see vältida ranniku erosiooni ning filtreerib välja saasteained ja setted.