Märgalad on geograafilised alad, kus vesi katab maad aastaringselt või pikka aega kasvuperioodil. Eri tüüpi märgalade kliima hõlmab mere- või rannikumärgalasid, sisemaa märgalasid ja inimtegevusest tingitud märgalasid. Sõltuvalt märgala tüübist võib märgalade kliima ulatuda soojast ja niiskest troopilisest keskkonnast jahedate tundrateni.
Märgalade kliima sõltub märgala tüübist ja sellest, kus maailmas märgala asub. Mere- või rannikuäärseid märgalasid iseloomustavad madalad sood või laguunid, kus ookeani looded kontrollivad piirkonna taime- ja loomaelu. Vesi võib olla kas täielikult soolane või riimvesi, mis on magevee ja soolase vee segu.
Teatud maailma piirkondades, näiteks Austraalia ranniku lähedal, tekivad korallrifid madalates vetes piki kiviseid rannikujooni. Kivid loovad tõkke ookeani tugevatele loodetele, mis laseb vett koos loodetega mõõnata ja voolata, pakkudes samas liiva ja muda, et toetada mõõna- ja mõõnaaluseid veekihte. Teistes piirkondades, näiteks Ameerika Ühendriikide lahe rannikul, on püsivad madalad lahed ja sood, kus riimvesi on koduks rohkele mereelustikule ja mererohule. Märgalade loomade hulka kuuluvad hagar, krevetid, vähid ja pelikanid.
Märgalade ilm mere- või ranniku märgaladel püsib tavaliselt üle külmumise ja langeb harva alla 40 kraadi Fahrenheiti (4 kraadi Celsiuse järgi). Märgalade taimede ja loomade hapra olemuse tõttu võivad suured temperatuurikõikumised märgala kliimat oluliselt mõjutada. Sellest tulenev mõju põhjustab mereorganismide surma ja toiduallikate kadumise tõttu lahkuvad märgalade loomad muud toitu otsima.
Sisemaised märgalad on kas mägi-, tundra- või metsasood ning sageli on need kaetud veega vaid osa aastast. Alpide märgalad tekivad siis, kui alpikannid muutuvad kevadel vettivaks pärast ümbritsevate mägede lume sulamist. Tundra märgalad võivad olla ajutised märgalad lume sulamise tõttu või püsivad märgalad, mis on põhjustatud tundrabasseinidest, mis tekivad siis, kui veealused allikad purustavad maapinna. Nii alpi- kui ka tundra märgalade kliima on temperatuuri poolest väga erinev. Suure osa aastast on pind külmunud või igikeltsaga kaetud ja sulab alles kevadise lume sulamise ajal.
Inimtekkelised märgalad võivad asuda kõikjal ja neid ehitatakse mitmeks otstarbeks. Levinumad põhjused märgala rajamiseks on kuivenduskanalid, kalade haudejaamad ja veehoidlad. Märgalad võivad tekkida ka siis, kui põllumehed ujutavad riisi kasvatamiseks üle suured maa-alad. Märgalade kliima inimtekkeliste märgalade puhul ulatub olenevalt asukohast arktilisest troopiliseni.