Madal basaaltemperatuur on tavaliselt alla umbes 96 °F (35.6 °C). Temperatuuri tuleb mõõta puhkeolekus, vahetult pärast ärkamist, et see oleks täpne. Tulemus näitab inimese ainevahetuse kiirust, mistõttu madal kehatemperatuur võib viidata kilpnäärme alatalitlusele, mille tagajärjeks on sageli kõrvalnähud, mille hulka kuuluvad naha kuivus, depressioon ja väsimus. Enamiku naiste puhul peetakse seda siiski normaalseks vähemalt osa kuust, kuna kehal on enne ovulatsiooni kahefaasilise mustri osana madalam temperatuur. See kipub ilmnema menstruatsiooni ajal – sel juhul võib madala temperatuuri tüüpilisteks tagajärgedeks öelda tupeverejooksu, väsimuse ja meeleolu kõikumised – kuigi madal temperatuur on pigem hormonaalsete muutuste tagajärg kui seisund, mis põhjustab muid mõjusid.
Mõned inimesed jälgivad regulaarselt oma basaaltemperatuuri, kasutades tavaliselt igal hommikul enne voodist tõusmist termomeetrit. Temperatuuri mõõtmine iga päev samal kellaajal annab tavaliselt kõige täpsemad tulemused ja enamik meditsiinitöötajaid soovitab patsientidel registreerida temperatuuri vähemalt kolm päeva järjest, et märgata mustrit. Seda seetõttu, et suvaline madal temperatuur ei pruugi suurt midagi tähendada või võib see olla eriti külma öö tagajärg, kuid pidevalt keskmisest madalamad temperatuurid võivad anda märku terviseprobleemist. Näiteks kuna ainevahetuse kiiruse määrab kilpnäärmest vabanevate hormoonide arv, võib madal basaaltemperatuur viidata hüpotüreoidismile.
Kilpnäärme alatalitlus põhjustab mitmeid sümptomeid, kuid paljud inimesed jäävad diagnoosimata, kuna tagajärjed on sageli tingitud muudest probleemidest. Näiteks kaebavad paljud patsiendid peavalude, naha kuivuse, depressiooni, väsimuse, kaalutõusu ja külmatundlikkuse üle. Hüpotüreoidismiga naised võivad samuti märgata ebaregulaarset menstruaaltsüklit. Kui seda haigusseisundit ei ravita aastaid, võivad patsiendid kannatada kõne aeglustumise, paksu naha ja suutmatuse all tunda maitset või lõhna nii tõhusalt kui tavaliselt.
Paljude naiste jaoks on madal basaaltemperatuur normaalne seni, kuni see kestab vaid umbes poole kuu jooksul. Selle põhjuseks on asjaolu, et menstruaaltsükkel kasutab kahefaasilist mustrit, mille puhul kehatemperatuur on tsükli esimese kahe nädala jooksul madal ja teisel poolel kõrgem. Enne ovulatsiooni on tavaliselt süüdi kõrge östrogeeni tase, mistõttu temperatuur tõuseb vahetult pärast keha ovulatsiooni, kui progesteroon hakkab võimust võtma. Seetõttu võivad madala temperatuuriga kaasneda nii tupeverejooks kui ka premenstruaalse sündroomi (PMS) sümptomid, nagu väsimus, meeleolu kõikumine ja puhitus.