Krooniline vaagnavalu naistel võib olenevalt ebamugavustunde allikast olla vahelduv või püsiv. Paljud naised ja teismelised tüdrukud kogevad menstruaaltsükli ajal kergeid kuni mõõdukaid krampe, kuid tavaliselt kaob ebamugavustunne mõne päeva pärast. Reproduktiivorganite haigused põhjustavad aga sageli palju tugevamat valu. Sellised seisundid nagu endometrioos, munasarjatsüstid, emaka fibroidid või vaagnapõletik on püsiva kroonilise vaagnavalu kõige levinumad põhjused.
Endometrioos on levinud diagnoos naistel, kes kannatavad kroonilise vaagnavalu all, eriti menstruatsiooni ajal ja sellele eelnevatel päevadel. Mõnel juhul võib valu tunda erinevatel aegadel kogu kuu jooksul, isegi kui menstruatsioonini on veel paar nädalat. Erinevalt tavalistest perioodidest, mis tekitavad väikeseid krampe, põhjustab see seisund piinavat, sageli kurnavat vaagnavalu. See tekib siis, kui endomeetriumi rakud, mis tavaliselt asuvad emakas, nihkuvad väljapoole emaka seina. Kudeimplantaadid võivad kinnituda munasarjade, munajuhade, põie ja isegi soolte külge.
Need endomeetriumi implantaadid, mis on sageli mikroskoopilised, väljuvad igakuise menstruatsiooni ajal emakast väljapoole. Endomeetriumi koed muutuvad põletikuliseks ja selle tagajärjel tekib krooniline vaagnavalu. Tavaliselt diagnoositakse seda uuriva laparoskoopilise operatsiooniga, mille käigus kirurg eemaldab või kauteriseerib implantaadid. Endometrioosi kahtluse korral võib lisaks operatsioonile kaaluda ka muid raviviise. Näiteks võib hormoonravi aidata sümptomeid leevendada.
Emaka fibroidid võivad olla ka kroonilise vaagnavalu allikaks. Need mittevähkkasvajad võivad areneda emakas. Fibroidid, nagu ka endometrioos, on mõjutatud naissuguhormoonist östrogeenist, mida toodavad enamasti munasarjad. Mõnikord võivad munasarjad ise põhjustada ebamugavust, eriti kui esinevad munasarjatsüstid.
Kuigi enamikul naistel on ühel või teisel ajal munasarjatsüstid, ei tea paljud neist kunagi seda. Seda seetõttu, et see ei anna alati mingeid sümptomeid. Kahjutu juhtum laheneb tavaliselt iseenesest. Mõnikord võib aga tekkida suur tsüst, mis põhjustab verejooksu ja valu. Endometrioos võib põhjustada ka šokolaaditsüstide teket, mis mõnele naisele põhjustab äärmist ebamugavust.
Vaagnapõletik (PID), vaagnaelundite infektsioon, võib lisaks muudele tõsistele tüsistustele põhjustada ka kroonilist vaagnavalu. Teatud sugulisel teel levivad haigused, nagu gonorröa ja klamüüdia, põhjustavad teadaolevalt PID-i, kuigi mitte kõik juhtumid ei esine selle tõttu. Mõnikord tungivad bakterid emakasse läbi emakakaela ja põhjustavad infektsiooni, mis põhjustab PID-i. Kui see seisund avastatakse varakult, saavad antibiootikumid tavaliselt probleemi lahendada. Kui PID-d ei ravita, võivad tekkida tõsised kahjustused reproduktiivorganitele. Alati on oluline külastada günekoloogi, et saada täpset diagnoosi mis tahes vaagnavalu korral.