Kollapalaviku süstidel on teiste vaktsiinidega sarnased kõrvaltoimed. Enamik inimesi, kellel on kõrvaltoimed, kogevad ainult kerget ebamugavustunnet: laskmise koht võib muutuda valusaks, saada verevalumeid ja paistetada; võib esineda ka kerge palavik, millega kaasnevad valud ja külmavärinad. Vähestel inimestel, kellel on tõsised sümptomid, võivad tekkida hingamisraskused, muutused käitumises, krambid, kõrge palavik, ebaregulaarne südamerütm, nõgestõbi ja muud sümptomid, mis vajavad kohest arstiabi. Kollapalaviku süstide kõrvaltoimed ilmnevad tavaliselt esimese tunni jooksul pärast süstimist, kuid need võivad tekkida ka 30 päeva jooksul pärast süstimist.
Arstid jälgivad hoolikamalt kõrvaltoimeid inimestel, kes pole kunagi kollapalaviku süsti saanud. Ilma vaktsineerimiseta on võimatu teada, kuidas inimene reageerib. Neil, kes on süsti teinud ja kellel ei esinenud mingeid kõrvalnähte, on äärmiselt ebatõenäoline, et korduvate süstidega tekivad kõrvalnähud.
Paljud inimesed kogevad kollapalaviku järgselt ainult kergeid kõrvaltoimeid, nagu süstekoha valulikkus või jäikus. Inimesel, kes on kergelt valus, võib süstekohas tekkida ka punetus, verevalumid ja võib-olla turse. Võib esineda ka kerge ja lühiajaline palavik. Selliste sümptomite korral ei ole arstiabi sageli vajalik; sümptomid peaksid aja jooksul taanduma. Soovi korral võivad nad võtta käsimüügiravimeid, mis aitavad palavikku ja valulikkust leevendada.
Need, kellel on tõsised sümptomid, peaksid viivitamatult pöörduma arsti poole. Kollapalaviku süstide tõsised kõrvaltoimed on tavaliselt tingitud allergilistest reaktsioonidest ja võivad olla surmavad. Tavaliselt on selliste reaktsioonide käes kannatajad allergilised kanade, munade või želatiini suhtes – kõik need on vaktsineerimises levinud koostisosad.
Neid, kellel on selline allergia, julgustatakse vältima reisimist Aafrika ja Lõuna-Ameerika osadesse, kus kollapalaviku viirus on levinud. Kui muna- või kanaallergiaga inimene peab sellistesse piirkondadesse reisima, võib arst siiski soovitada kollapalaviku vaktsiini, kui arvatakse, et viirusega nakatumine on eluohtlikum kui süstist tulenev allergiline reaktsioon. Arstid võivad vaktsineerida väiksemates annustes, lootes esile kutsuda kergema allergilise reaktsiooni.
Teatud demograafilised isikud kannatavad kollapalaviku süstimisel tõenäolisemalt tõsiseid kõrvaltoimeid kui teised. Nagu mainitud, on ohus need, kellel on kodulindude allergia. Samuti ei soovitata rasedatel vaktsiini saada, kuna see võib kahjustada sündimata lapsi. Süstimisest võib keelduda ka neile, kellel on nõrk immuunsüsteem ja kellel on tekkinud elundipuudulikkus mõne tõsise haiguse tagajärjel. Alla üheksa kuu vanuseid lapsi ja eriti alla kuue kuu vanuseid lapsi peetakse negatiivsete kõrvalmõjude suhtes eriti haavatavaks.