Kõige levinumad tomatitaimede probleemid on haigused, putukad ja keskkonnaprobleemid. Tomatite kasvatamine tomatiistikutest terveteks tomatitaimedeks nõuab arusaamist sellest, millised probleemid võivad juurviljaaeda mõjutada ja kuidas tomatikahjureid vältida.
Haigused valmistavad tomatitaimede probleemidest kõige rohkem pettumust, sest sageli puudub ravi. Edukas tomatikasvatus hõlmab taimede jälgimist tomatiseemnetest kuni saagikoristuseni. Pinnase kaudu levivad seened, nagu Fusarium ja Verticillium, kahjustavad varsi ja põhjustavad varte värvimuutust. Kui vars saab kahjustatud, ei kandu toitaineid taime ülemisse ossa, mistõttu taim närbub ja sureb. Ravi puudub, seetõttu on oluline osta vastupidavaid sorte.
Muud haigused, mis võivad põhjustada tomatitaimede probleeme, on tomati täpilise närbumise viirus ja tubaka mosaiigiviirus. Tomati täpilise närbumise viirust levitab rips ja see põhjustab tomatil vähktõve teket ning lehtede ja varte hävimist. Kuna ravi ei ole võimalik, tuleb nakatunud taimed aiast eemaldada ja minema visata. Tubaka mosaiikviirust levitavad tavaliselt aednikud, kes suitsetavad või on tubakaga kokku puutunud. Ennetamiseks peaksid aednikud enne taimede käsitsemist käsi pesema.
Putukad aitavad kaasa ka tomatitaimede probleemidele kas haiguste kandmise või taimede söömise kaudu. Sarvussid on teatud tüüpi röövikud, kes söövad lehestikku. Need on tavaliselt kolm kuni neli tolli pikad ja kergesti märgatavad. Piisab lihtsalt nende eemaldamisest nakatunud taimelt. Teine putukate liik, kes lehti sööb, on kirpmardikas. Parim viis oma taimede sellest putukast vabastamiseks on pühkida lehti seebiveega.
Tomatitaimede probleeme tekitavad ka mahla imevad putukad, nagu lehetäid ja psüllid. Mõlemad asuvad lehtede alumisel küljel, mistõttu taimed jäävad kiduraks. Kui nakatumine on tõsine, ei teki tomateid. Nakatunud taimede lehetäidest või psülliididest vabastamiseks võib kasutada insektitsiidset seepi.
Keskkonnaprobleemid on tomatitaimede kõige levinumad probleemid ja neid on ka kõige lihtsam kontrollida. Õite otsamädanik, mis põhjustab valmivate tomatite põhja mustaks tõmbumist, tõmbumist ja mädanemist, on tingitud ebapiisavast kaltsiumisisaldusest arengu käigus. Tomatitaime korrapäraste ajavahemike järel kastmine ja pikaajalise kuivamise vältimine hoiab tavaliselt ära õite otsa mädanemise.
Kasvupraod on veel üks keskkonnaprobleem, mida saab kergesti kontrollida. Kasvupraod võivad moodustada tomati ülaosale ringikujulise mustri või moodustada sügavaid lõhesid, mis kulgevad vertikaalselt varrest alusele. Mõlemad on põhjustatud algsest ülekastmisest või tugevast vihmaperioodist, millele järgnes kastmise puudumine, mis põhjustas taime kasvu pidurdumise. Selle vältimiseks tuleks taimi regulaarselt kasta ja mitte lasta üle kasta.